各种bam文件统计质量值的软件

1.bamdst -- a BAM Depth Stat Tool  对bam文件进行统计

安装bamdst  https://github.com/shiquan/bamdst

git clone https://github.com/shiquan/bamdst.git
cd bamdst 
make

make后直接help后，查看用法，有时候可能会提示bamdst不存在，本来已经存在了，还会这样报错。把其路径加入环境变量后，就可以了。

bamdst --help    # ./bamdst --help 

使用bamdst  对bed格式目标区域的捕获统计，查看结果中的region.tsv.gz

bamdst -p region.bed -o ./result in.bam

如果没有时候，可以用CCDS  ，参考：https://www.jianshu.com/p/5a548c8df669

cat CCDS.20160908.txt |perl -alne '{/\[(.*?)\]/;next unless $1;$gene=$F[2];$exons=$1;$exons=~s/\s//g;$exons=~s/-/\t/g;print "$F[0]\t$_\t$gene" foreach split/,/,$exons;}'|sort -u |bedtools sort -i >exon_probe.hg38.gene.bed

ls ../alignment/*.bam|w