要批量查找snplist.txt文件里的rs号是否在已经得到注释好的文件时,批量查找,用
#bin/bash
cat snplist.txt|while read line
do
grep -w ${line} XX.hg19_multianno.csv >>XX.txt
done
# grep "ab" 会找到结果为ab ,abc, abd, abt等,为模糊查找
# grep -w "ab" 加上-w,就会得到ab ,为精确查找
# >>追加输出到指定文件
grep -w ${line} XX.hg19_multianno.csv >LGX_${line}.txt
#当输出为读取的内容时,会发现在window上看到的文件名是
在linux下看到的文件名是内容加上?
这神马操作的原因是因为我要读取的文件在window下输入保存的,在linux下会有不同,导致我查找时,总是找不到内容,这时候只要进行编码转换就行:vim snplist.txt 后,输入
:set ff=unix
:wq
即可。