使用所读取的内容为文件命名时乱码

本文介绍了一种使用Shell脚本批量查找特定rs号的方法,并详细解释了如何通过grep命令实现精确匹配,同时解决了因文件编码差异导致的问题。

要批量查找snplist.txt文件里的rs号是否在已经得到注释好的文件时,批量查找,用

#bin/bash
cat snplist.txt|while read line
do
grep -w ${line} XX.hg19_multianno.csv >>XX.txt   
done

# grep "ab"    会找到结果为ab ,abc, abd, abt等,为模糊查找

# grep  -w  "ab"  加上-w,就会得到ab ,为精确查找

# >>追加输出到指定文件

grep -w ${line} XX.hg19_multianno.csv >LGX_${line}.txt  

#当输出为读取的内容时,会发现在window上看到的文件名是

在linux下看到的文件名是内容加上?

这神马操作的原因是因为我要读取的文件在window下输入保存的,在linux下会有不同,导致我查找时,总是找不到内容,这时候只要进行编码转换就行:vim snplist.txt 后,输入

:set ff=unix

:wq

即可。

 

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