使用python玩转dicom文件——医学图像处理工具pydicom入门教程

最新推荐文章于 2025-04-07 10:06:14 发布

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分类专栏：医学图像处理文章标签： python dicom 可视化计算机视觉经验分享

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/CQUSongYuxin/article/details/108124988

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本文介绍了如何使用Python库pydicom处理和读取DICOM格式的医学图像文件。通过数据读取、信息获取、数据写入及利用matplotlib进行可视化，详解了pydicom的基本用法，包括处理缺失信息和强制读取非标准文件。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

从医院采集的超声数据因为时间跨度大、设备差异等原因比较乱，想着找找工具怎么把这些dicom格式的文件整理一下，于是瞄准了pydicom这一工具。中文资料也很鱼龙混杂，干脆自己去他们的官方文档直接学习。安装方式是很简单的在anaconda中pip install pydicom

参考资料：pydicom官方文档
版本：pydicom 2.0.0

pydicom入门

数据读取
信息获取
数据写入
使用matplotlib进行可视化

数据读取

数据读取使用dmread()

import pydicom

fpath='us13.DCM'
dcm=pydicom.dcmread(fpath)

有时可能会出现以下报错

raise InvalidDicomError("File is missing DICOM File Meta Information "
  pydicom.errors.InvalidDicomError: File is missing DICOM File Meta Information header or the 'DICM' prefix is missing from the header. Use force=True to force reading

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pydicom pydicom是用于处理文件的纯Python软件包。它使您能够以简单的“ pythonic”方式读取，修改和写入DICOM数据。作为一个纯Python程序包， pydicom可以在没有任何其他要求的Python运行环境中运行，尽管如果您使用的是Pixel Data，那么我们建议您还安装。如果您正在寻找用于DICOM网络的Python库，那么您可能对我们的另一个项目。安装使用： pip install pydicom 使用： conda install -c conda-forge pydicom 有关更多信息，包括开发版本的安装说明，请参阅。文献资料 pydicom，教程，示例和API参考文档可用于GitHub Pages上的当前发行版和开发版本。像素数据压缩和未压缩的像素数据始终可以按字节读取，更改和写入： >> > from pydi

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