pydicom 开源项目教程

pydicom 开源项目教程

pydicom Read, modify and write DICOM files with python code 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pydicom

1. 项目介绍

pydicom 是一个纯 Python 包，用于处理 DICOM 文件。它允许用户以“Pythonic”的方式读取、修改和写入 DICOM 数据。作为一个纯 Python 包，pydicom 可以在任何 Python 运行的地方使用，无需其他依赖。然而，如果需要处理像素数据，建议同时安装 NumPy。

pydicom 是一个通用目的的 DICOM 框架，专注于读取和写入 DICOM 数据集。它不处理特定 SOP 类或其他 DICOM 方面的细节。其他基于 pydicom 的库（如 pynetdicom 和 deid）提供了对 DICOM 网络和 DICOM 文件匿名化的支持。

2. 项目快速启动

安装

使用 pip 安装：

pip install pydicom

使用 conda 安装：

conda install -c conda-forge pydicom

读取和修改 DICOM 文件

以下是一个简单的示例，展示如何读取和修改 DICOM 文件中的患者 ID：

from pydicom import dcmread

# 读取 DICOM 文件
ds = dcmread("/path/to/file.dcm")

# 修改患者 ID
ds.PatientID = "12345678"

# 保存修改后的 DICOM 文件
ds.save_as("/path/to/file_updated.dcm")

显示像素数据

如果安装了 NumPy 和 matplotlib，可以显示 DICOM 文件中的像素数据：

import matplotlib.pyplot as plt
from pydicom import dcmread
from pydicom.data import get_testdata_file

# 获取示例 DICOM 文件路径
path = get_testdata_file("CT_small.dcm")

# 读取 DICOM 文件
ds = dcmread(path)

# 获取像素数据并显示
arr = ds.pixel_array
plt.imshow(arr, cmap="gray")
plt.show()

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

1. 医学影像处理：pydicom 可以用于读取和处理医学影像数据，如 CT、MRI 等。
2. DICOM 文件匿名化：使用 deid 库，可以对 DICOM 文件进行匿名化处理，保护患者隐私。
3. DICOM 网络通信：使用 pynetdicom 库，可以实现 DICOM 网络通信，支持 DICOM 服务器的搭建和客户端的开发。

最佳实践

1. 安装依赖：在处理像素数据时，建议安装 NumPy 以提高效率。
2. 使用示例数据：pydicom 提供了一些示例数据，可以用于学习和测试。
3. 遵循 DICOM 标准：在处理 DICOM 文件时，确保遵循 DICOM 标准，以保证数据的兼容性和准确性。

4. 典型生态项目

1. pynetdicom：一个基于 pydicom 的 Python 库，用于 DICOM 网络通信。它支持 DICOM 服务器的搭建和客户端的开发。
2. deid：一个用于 DICOM 文件匿名化的库，可以帮助用户去除 DICOM 文件中的敏感信息，保护患者隐私。
3. pylibjpeg：一个用于处理 JPEG 压缩图像的库，支持 JPEG、JPEG-LS 和 JPEG 2000 格式的解压缩和压缩。

通过这些生态项目，pydicom 可以扩展其功能，满足更多复杂的 DICOM 处理需求。

pydicom Read, modify and write DICOM files with python code 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pydicom