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主成分分析
转化为:
转化为:
得到的是一个1xN的向量,而我们需要的是一个Nx1的向量。所以需要将得到的结果转置一下,最终结果为
使用梯度上升法求解主成分
第一主成分
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
X = np.empty((100,2))#100个样本,每个样本有两个特征
X[:,0] = np.random.uniform(0.,100.,size=100)#特征一
X[:,1] = 0.75 * X[:,0] + 3. + np.random.normal(0,10.,size=100)#特征二
X = np.empty((100,2))#100个样本,每个样本有两个特征
X[:,0] = np.random.uniform(0.,100.,size=100)#特征一
X[:,1] = 0.75 * X[:,0] + 3. + np.random.normal(0,10.,size=100)#特征二
plt.scatter(X[:,0],X[:,1])
plt.show()
输出图片:
demean
def demean(X):
#在行的方向上求平均值,即求每一列的平均值,得到一个向量,X中的每一个样本都减去这个向量
return X - np.mean(X,axis=0)
X_demean = demean(X)
plt.scatter(X_demean[:,0],X_demean[:,1])
plt.show()
输出图片:
np.mean(X_demean[:,0])#验证在第0个维度上的均值
输出:-1.5774048733874226e-14
np.mean(X_demean[:,1])#验证在第1个维度上的均值
输出:-1.6626700016786343e-14
梯度上升法求解数据的主成分(这里求的是第一主成分)
def f(w,X):
return np.sum((X.dot(w) ** 2)) / len(X)
def df_math(w,X):
return X.T.dot(X.dot(w)) * 2. / len(X)
def df_debug(w,X,epsilon=0.0001):
res = np.empty(len(w))
for i in range(len(w)):
w_1 = w.copy()
w_1[i] += epsilon
w_2 = w.copy()
w_2[i] -= epsilon
res[i] = (f(w_1,X) - f(w_2,X)) / (2 * epsilon)
return res
def direction(w):#将某向量化成仅表示方向的单位向量
return w / np.linalg.norm(w)
def gradient_ascent(df,X,initial_w,eta,n_iters = 1e4,epsilon = 1e-8):
w = direction(initial_w)
cur_iter = 0
while cur_iter < n_iters:
gradient = df(w,X)
last_w = w
w = w + eta * gradient
w = direction(initial_w)
if(abs(f(w,X) - f(last_w,X)) < epsilon):
break
cur_iter += 1
return w
注意:
1、 w为0本来就是一个极值点,只不过这个极值点对应的是最小值的位置,但是我们求的是最大值的位置。在这个最小值的位置上它的梯度值也为0,所以此时把零向量代进去是不可以的,所以开始的时候随机化一个向量就可以了
2、不能用StandardScaler标准化数据,因为PCA过程本来就是要求一个轴,使得所有的样本映射到那个轴之后样本的方差最大,一旦我们将样本的数据进行标准化了,样本的方差就为1了,方差的最大值就不存在了,因为在标准化的过程中把样本的方差给打掉了,这样子的话就求不出来PCA真正想最大化的结果了
initial_w = np.random.random(X.shape[1])
initial_w
输出:array([0.72295935, 0.94989331])
eta = 0.001
gradient_ascent(df_debug,X_demean,initial_w,eta)
输出:array([0.6056356 , 0.79574212])
gradient_ascent(df_math,X_demean,initial_w,eta)
输出:array([0.6056356 , 0.79574212])
w = gradient_ascent(df_math,X_demean,initial_w,eta)
plt.scatter(X_demean[:,0],X_demean[:,1])
plt.plot([0,w[0] * 30],[0,w[1] * 30],color='r')#因为w是个单位向量,我们可以放大30倍观察
plt.show()
输出图片:
求数据的前n个主成分
问:求出第一主成分以后如何求出下一个主成分?
答:将数据进行改变,将数据在第一个主成分上的分量去掉,然后在新的数据上求第一主成分
即:将 X ( i ) X^{(i)} X(i)在 X p r o j e c t ( i ) X_{project}^{(i)} Xproject(i)上的分量去掉,即:将 X ( i ) X^{(i)} X(i)在映射在和 X p r o j e c t ( i ) X_{project}^{(i)} Xproject(i)这个轴相垂直的一个轴上
import numpy as np
class PCA:
def __init__(self, n_components):
"""初始化PCA"""
assert n_components >= 1, "n_components must be valid"
self.n_components = n_components
self.components_ = None
def fit(self, X, eta=0.01, n_iters=1e4):
"""获得数据集X的前n个主成分"""
assert self.n_components <= X.shape[1], \
"n_components must not be greater than the feature number of X"
def demean(X):
return X - np.mean(X, axis=0)
def f(w, X):
return np.sum((X.dot(w) ** 2)) / len(X)
def df(w, X):
return X.T.dot(X.dot(w)) * 2. / len(X)
def direction(w):
return w / np.linalg.norm(w)
def first_component(X, initial_w, eta=0.01, n_iters=1e4, epsilon=1e-8):
w = direction(initial_w)
cur_iter = 0
while cur_iter < n_iters:
gradient = df(w, X)
last_w = w
w = w + eta * gradient
w = direction(w)
if (abs(f(w, X) - f(last_w, X)) < epsilon):
break
cur_iter += 1
return w
X_pca = demean(X)
self.components_ = np.empty(shape=(self.n_components, X.shape[1]))
for i in range(self.n_components):
initial_w = np.random.random(X_pca.shape[1])
w = first_component(X_pca, initial_w, eta, n_iters)
self.components_[i,:] = w
X_pca = X_pca - X_pca.dot(w).reshape(-1, 1) * w
return self
def transform(self, X):
"""将给定的X,映射到各个主成分分量中"""
assert X.shape[1] == self.components_.shape[1]
return X.dot(self.components_.T)
def inverse_transform(self, X):
"""将给定的X,反向映射回原来的特征空间"""
assert X.shape[1] == self.components_.shape[0]
return X.dot(self.components_)
def __repr__(self):
return "PCA(n_components=%d)" % self.n_components