【文献速递】环状RNA和RNA G-四链体结合蛋白的原位邻近标记高效检测RNA-蛋白互作

RNA在细胞中通过与RNA结合蛋白（RBPs）相互作用形成RNP复合物，参与调控翻译、输出和降解等多种生物学过程，因此，探究RNA和蛋白相互作用对于揭示RNA的生物学功能和疾病机制至关重要。然而现有的研究RNA–蛋白互作的技术手段（如CLIP等）主要依赖于体外交联和pull down，在检测弱/瞬时互作以及体内生理环境中的互作时存在一定局限性。

2025年7月，Mo J等人在《Nature Chemical Biology》杂志发表了题为“In situ proximity labeling of proteins associated with circRNA and RNA G-quadruplexes”研究论文。该团队开发了一种由TurboID辅助的能够靶向RNA互作蛋白的邻近标记方法（TAPRIP），能够在活细胞中高效检测RNA-蛋白互作。作者将邻近标记酶miniTurbo与RNA靶向元件CIRTS3融合表达，在特异性gDNA引导下靶向目标RNA分子。miniTubo依赖ATP活性生成活性中间体biotin-5′-AMP，将生物素标记在目标RNA的互作蛋白，最后通过生物素-链霉亲和素富集纯化生物素化的蛋白进行质谱分析（LC-MS/MS）鉴定。作者首先对mCherry环状RNA（circRNA）的互作蛋白组进行了分析，发现HNRNPK通过结合其两侧内含子，调控mCherry circRNA及其他内源性circRNA的表达。随后对BCL2基因的RNA G-四链体结构（rG4）靶向研究发现RBM12能结合rG4并招募核糖体，从而促进BCL2的翻译。敲低RBM12显著降低MOLM-13、MV4-11和THP-1急性髓系白血病细胞的增殖和克隆形成能力。

综上所述，该研究开发了一种新颖且高效的技术平台（TAPRIP），能够在活细胞中绘制特定RNA的蛋白互作网络，克服了现有RNA中心方法的局限性，为RNA生物学研究和疾病靶向治疗提供了新的思路与工具。

参考文献

[1] Mo J, Chen Z, Cui M, et al. In situ proximity labeling of proteins associated with circRNA and RNA G-quadruplexes[J]. Nature Chemical Biology, 2025: 1-12.