【PaperReading】Defining functional distances over Gene Ontology

Gene Ontology上的功能距离定义

论文地址：https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-50

摘要

背景

在试图定义蛋白质之间的功能关系时，一个基本的问题是很难量化功能相似性，即使已经存在有关蛋白质活动的结构良好的本体论（即"基因本体" -GO-）。然而，功能度量可以克服在比较和评估功能分配和预测时遇到的问题。作为接近度的参考，以往的比较GO术语的方法考虑到本体论中通过概率分布加权的链接，以平衡直接无环图不同部分的非均匀"丰富程度"。在这里，我们采用了一种不同的方法来量化GO术语之间的功能相似性。

结果

我们提出了一种新的方法来推导GO术语之间的“功能距离”，该方法基于这些terms在相同的Interpro条目集中同时出现，而不是依赖于GO的结构。GO术语的巧合揭示了GO功能之间的自然生物学联系，并定义了一个满足度量空间属性的距离模型