【生物信息学】基于SparCC, MENA, LSA, CoNet构建微生物相互作用网络

背景介绍

微生物之间的共现(Co-occurrence)可能有以下几种原因，它们可能具有一定的生态关系，或者在生态位上有重叠。

物种的关系可能是此消彼长、或者共增共减。

共现分析是一种网络推断技术，可以用来发现不同目标（例如基因、蛋白质、代谢物、物种等）之间的关系，基于可重复的观测中的丰度或者出现/缺失，尤其是应用在基因组学领域，比如基因调控网络推断。

网络推断技术用于宏基因组学及其存在的问题

目前有两种实现网络的技术：
（1）第一种是基于相似性
不管是基于abundance还是incidence的数据，都可以计算成对物种之间的相似度矩阵，并随机化数据反复计算。考察实际相似度与打乱后相似度的显著性差异。最后保留具有意义的相似度并可视化。