【PaperReading】使用limma、Glimma和edgeR对RNA-seq数据分析

镰刀韭菜

已于 2022-10-14 18:02:21 修改

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分类专栏： PaperReading

于 2021-10-14 00:00:00 首次发布

原文链接：https://bioconductor.org/packages/devel/workflows/vignettes/RNAseq123/inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html

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本文详细介绍了使用limma、Glimma和edgeR进行RNA-seq数据分析的工作流程，包括数据预处理、差异表达分析和基因集检验。通过对小鼠乳腺细胞RNA-seq数据的实例，展示了如何从原始计数数据中提取生物学意义，包括归一化、无监督聚类和差异表达基因的筛选。此外，文章还强调了Glimma包在交互式数据可视化中的作用，有助于更深入地探索和理解数据。

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Xueyi Dong^1, Charity Law^2, Monther Alhamdoosh3, Shian Su1, Luyi Tian2, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5

1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbourne, Australia
2The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbourne, Australia; Department of Medical Biology, The University of Melbourne, Parkville, VIC 3010, Melbourne, Australia
3CSL Limited, Bio21 Institute, 30 Flemington Road, Parkville, Victoria 3010, Australia
4The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbourne, Australia; School of Mathematics and Statistics, The University of Melbourne, Parkville, VIC 3010, Melbourne,