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本文介绍了ClusterProfiler在生信分析中的应用，包括利用MSigDb进行基因集合分析，使用Reactome进行通路分析，以及MeSH富集分析。此外，还探讨了如何进行基因组协作的功能富集分析和生物主题的比较，提供了丰富的可视化方法来解释富集结果。
clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative study
ClusterProfiler: 用于功能和比较研究的通用富集工具
7. MSigDb 分析
MSigDB 是一个带注释的基因集的集合，它包括 8 个主要集合：
- H: hallmark gene sets （癌症特征基因集合）
- C1: positional gene sets （染色体位置基因集合）
- C2: curated gene sets （包含了已知数据框、文件和专家支持的基因集信息）
- C3: motif gene sets （调控靶基因集合，包括miRNA-target以及转录因子-target调控模式）
- C4: computational gene sets (计算机软件预测出来的基因集合，主要是和癌症相关的基因)
- C5: GO gene sets (Gene Ontology对应的基因集合)
- C6: oncogenic signatures （致癌基因集合）
- C7: immunologic signatures （免疫相关基因集）
用户可以使用enricher和 GSEA 函数来分析从分子特征数据库 (
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