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ClusterProfiler是一个强大的R包，用于功能和比较研究，包括疾病分析和基因本体（GO）及KEGG通路的富集分析。在疾病分析中，它支持Disease Ontology（DO）、癌症基因网络（NCG）和疾病基因网络（DGN）的富集。在GO分析中，提供了GO过表达检验、基因集富集分析和语义相似度分析等功能，同时支持非模式生物的分析。在KEGG分析部分，涵盖了过表达检验、基因集富集分析和模块分析。所有分析都提供了丰富的参数调整和结果过滤选项。
clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative study
ClusterProfiler: 用于功能和比较研究的通用富集工具
4. 疾病分析（Disease analysis）
DOSE（Yu et al. 2015）支持Disease Ontology（DO）语义和富集分析。 enrichDO函数对于识别感兴趣基因的疾病关联非常有用，函数gseDO函数专为DO的基因集富集分析而设计。
此外，DOSE 还支持对癌症基因网络 (NCG)(A. et al. 2016) 和疾病基因网络 (Janet et al. 2015) 的富集分析，请参阅 DOSE 其他资料。
4.1 enrichDO函数
在以下示例中，我们选择 1.5 以上的倍数变化（fold change）作为差异基因并分析它们的疾病关联。
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