网络药理学药效团模型靶点预测具体过程

注意！文章中的代码有问题，注意修改

1.

PubChem

2.PharmMapper

保存此时的网页，等待结果，或者查看邮箱（时间是几个小时或几天）

然后把结果保存

图形可以放大保存

文件结果

添加靶点基因名称信息便于后续分析。

1.注释文件包含基因名称和数据库ID的对应关系。

 2.注释文件第二列为基因名称，第一列为基因ID。

3.注释文件由多个数据库的ID转化为基因名字，下载并整合多个数据库的信息。

4.做人的话直接用这个注释文件就好。其他物种要买一下

<<ann.txt>>

针对这三个文件进行操作

就是从excel复制出来，然后新建一个input.txt，把我们这个文件拷贝到这个input.txt就完成了。

在含有perl的文件夹里运行程序，获得out文件复制到excel里

通常会留下这几行文件

提取其中两行形成merge.xlsl→一列是靶点另一列是化合物名称

做蛋白互作网络：STRING: functional protein association networks

基因名字：基因名字不要太多了，如果太多，可以选择分值进行过滤，也可以每个化合物选择前50个基因进行一个分析。

拉到最后点continue（确保全搜索完）

一般默认

分值就是过滤的分值，它的分是0到1分值越大就是两个基因之间具有蛋白相互作用的可能性越大。

如果发现还是很乱，就把数值调到0.96

第二部分选evidence

需要下载的格式

把merge.xlsl复制成merge.txt

准备好这三个文件

获得这三个文件

导入network.txt

选择类型

Select geneList.txt

调整线条

现在node的属性还没导入（node.txt)

总的来说就是按照自己的需求去个性化（这里不多赘述了）

保存图形：保存时注意，只会保存方框里面的东西

保存网络：