NCBI与其他网站基因转换

原创 已于 2022-06-22 00:07:02 修改 · 1.1k 阅读 · 2 ·
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于 2022-06-22 00:06:01 首次发布
本文档介绍如何从NCBI下载Mammalia基因INFO数据，涵盖了下载链接和解析方法，适合生物信息学研究者和开发者

参考：
http://t.zoukankan.com/djx571-p-10263640.html
下载info网址：
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Mammalia/

基因ID命名及相互转换
qq_20095851的博客
11-01 3万+
整理参考：ID转换不用慌，biomart帮你忙 由于ID来自于不同的数据库，或者说命名的意图不同，所以对于同一个基因，总是有多个不同的ID，最常见的比如entrze ID、ensembl ID、HGNC ID、refseq ID等。 Entrze ID:是美国NCBI数据库中的基因标识符，通常是由纯数字表示，比如人类TP53基因的Entrze ID是7157（注意，不同物种的基因ID是不同的）...
根据NCBI中的蛋白名在uniprot中查找对应蛋白登录号及基因名
qniiqnii的博客
04-14 1万+
根据NCBI中的蛋白名在uniprot中查找对应蛋白登录号及基因名想法来源第一个客户第二位客户代码分享反思 想法来源 首先，我要感谢我从事蛋白质组分析工作中遇到的形（xi）形（qi）色（gu）色（guai）的客户，我还是非常热衷于为客户服务的。最后完成的脚本算是我为了完成客户需求一点点摸索出来的成果。 第一个客户 第一次涉及到这个需求的客户指出，在我们完成蛋白质组结果中（客户指定使用NCBI数据库）没有提供蛋白对应的基因名，需要我们在提供的结果中添加一下对应的基因名。 ？？？ ？？？ 来看看数据库，除了特殊
常见4种基因ID如何区别？如何转换？
weixin_59289660的博客
08-05 3万+
常用的4中基因ID类型： Gene symbol Entrez ID Ensembl ID Uniprot ID
Ensembl_id转换与gene symbol
m0_56016177的博客
09-26 2440
Gene ID 也称Entrez ID/EntrezGene ID ，是 NCBI 使用的能够对众多数据库进行联合搜索的搜索引擎, 其对不同的 Gene 进行了编号, 每个 gene 的编号就是 entrez gene id，就是一串数字，比如：TP53 的Gene ID是:7157。因为entrez ID相对稳定, 所以也被其他数据库, 如 KEGG 等采用。不同物种的同一个基因的Gene ID是不同的。NCBI的RefSeq数据库ID，一般是两个大写首字母，加下划线，后面为数字。两个首字母 ”NC。
Uniprot ID 批量转化成基因名
weixin_45656366的博客
01-25 6422
1.打开https://www.uniprot.org/（UniProt），选择ID mapping。2.输入蛋白名，选择转化名称类型，点右下角Map ID。4.进入结果界面后点击Download选择合适格式下载。3.跳转到匹配界面，匹配完成后点击Completed。
基因数据库构建工具_本地化中文基因信息数据库生成器_通过访问HGNC和NCBI数据库API获取基因数据并利用Google翻译自动转换为中文_支持多种数据库后端包括PostgreSQ.zip
09-06
基因数据库构建工具_本地化中文基因信息数据库生成器_通过访问HGNC和NCBI数据库API获取基因数据并利用Google翻译自动转换为中文_支持多种数据库后端包括PostgreSQ.zip
NCBI|叶绿体基因组数据上传
weifanbio的博客
10-18 3661
叶绿体基因组NCBI上传 小编最近在NCBI上传了好几次数据…想着可以把具体的上传步骤写下来，供大家参考。以下是叶绿体基因组的上传示例，大家可以瞅瞅 图片 准备工作 1.登录NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/， 依次点击“sign in to NCBI”——“See more 3rd party sign in options”——搜索“Microsoft live.com”。 ”sign in to NCBI“ ”See more 3rd party sign i
如何向NCBI上传线粒体基因组序列
qq_50637636的博客
04-11 4753
如何向NCBI上传线粒体基因组序列 进入Banklt主页 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/?form=history&session=new&tool=genbank 点击Start Banklt Submission 填写个人联系方式 邮箱最好填写学校或者单位邮箱，qq、163邮箱存在接收不到NCBI工作人员通知的可能。 自上至下，依次是填写序列作者信息，文章未发表的话填写文章草拟的标题，已接收或已发表就写文章标题，作者都有谁
NCBI的基因组序列如何转换为UCSC的格式
最新发布
10-21
1. 回答问题：解释如何转换NCBI基因组序列为UCSC格式。 2. 提出3-5个 §§相关问题§§，这些问题必须基于用户的问题和我的回答。 3. §§相关问题§§ 的第一行必须是 "§§相关问题§§"，且禁止换行分散。意思是...
数据下载（1）：NCBI下载文献中的基因组
weixin_57129211的博客
03-18 2112
如何从NCBI下载文献中的测序原始数据
如何下载关于人类或者其它物种的全部转录本名称（NM_）
wish_to_top的博客
04-07 7226
记录 如果我在已经有了基因名的情况下，可以有几种方法 1.通过NCBI的GENE数据库 1）首先进入到https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/中，然后选择你要的基因 2）例TP53,需要观察物种 3）选择并点击，进入，ctrf + F,输入 NCBI Reference Sequences (RefSeq) ，查询这个基因所具有的转录本 ，结果如下 总结：这种方法适用于基因个数比较少的情况，当基因个数比较多时，则需要利用R包biomart进行转换，或者数据库资源 2. 数据库资源
GeneToList – 基因名转换（ID convertion）网络服务器
blackjimmy的博客
06-22 1457
随着高通量组学技术的日益流行，处理它们所产生的数据集变得越来越困难，因此需要借助于编程语言或者在线服务器，将一个数据库中的基因名转换成另一个数据库中的基因名。
生信基础知识-Entrez ID（基因id转换）
2302_80012625的博客
10-13 1万+
基因id转换
生信数据库ID总结及转换方法
weixin_54199212的博客
03-18 1万+
生信数据库ID总结及转换方法（待补充）
飞鱼：生信分析更简单
weixin_55112696的博客
10-12 736
今天主要介绍几个常用的场景，相信每一位研究生物学的同学都用过NCBI，NCBI网站上提供了一系列生物信息学工具，包括BLAST、Entrez检索系统、RefSeq基因库、GenBank和PubMed等数据库，这些工具和数据库对于生命科学和医学研究都非常重要。在分析基因组数据时，我们有时候只需要基因组中某个部位的信息，比如涉及编码蛋白功能就只需要CDS序列，研究miRNA与mRNA互作时，只需要3‘UTR序列。1.首先准备一份excel表格，A列为目的基因的ID号，B列是CDS序列，C列是全基因序列。
Gene id 转换(四种基因各种id转换方法)
热门推荐
weixin_40739969的博客
04-17 11万+
对于这三种方法的使用参数在代码里面写了，你可以看看 先把基因集对应的注释包安装了，并且加载出来 library(org.Hs.eg.db)#这个是属于注释包，每个基因集可能对应的注释包不一样，要从基因集所在的平台找到对应的注释包，然后从bioconductor获取安装。 基因集准备 data(geneList, package="DOSE") gene <- names(geneList)...
2021.05.05【数据分析心得】丨如何将基因名称转化为基因ID
05-06 3294
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录 前言 一、pandas是什 二、使用步骤 1.引入库 2.读入数据 总结 前言 提示：这里可以添加本文要记录的大概内容： 例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。 提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考 一、pandas是测 示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数据分析任..
2020.02.18【数据分析心得】丨如何将基因ID转化为基因名称
02-18 2万+
上一次在这个平台上写文章居然已经是5年前了，毕竟研究生阶段没有主攻数据处理，让自己少了很多IT属性。废话少说，今天记录一下将基因ID转化为基因名称的操作办法。 在拿到公司的基因测序数据后，不同的测序公司给出的数据也是不同的，有时候会遇到一个问题就是测序公司给出的分析报告中，GO富集以及KEGG通路通常直接以基因ID的形式给客户，而导师要求送审文章的附件要显示为基因名称。 尽管在拿到的测序数...
基因ID转换小工具，太实用了！
Magic_capital的博客
11-01 1万+
链接：http://www.sohu.com/a/209700439_652735
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