基因ID转换小工具，太实用了！

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#基因工具

博客提供了一个基因ID转换小工具相关链接http://www.sohu.com/a/209700439_652735 ，该工具具有实用性。
2020.02.18【数据分析心得】丨如何将基因ID转化为基因名称
02-18 2万+
上一次在这个平台上写文章居然已经是5年前了，毕竟研究生阶段没有主攻数据处理，让自己少了很多IT属性。废话少说，今天记录一下将基因ID转化为基因名称的操作办法。 在拿到公司的基因测序数据后，不同的测序公司给出的数据也是不同的，有时候会遇到一个问题就是测序公司给出的分析报告中，GO富集以及KEGG通路通常直接以基因ID的形式给客户，而导师要求送审文章的附件要显示为基因名称。 尽管在拿到的测序数...
2021.05.05【数据分析心得】丨如何将基因名称转化为基因ID
05-06 3309
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录 前言 一、pandas是什 二、使用步骤 1.引入库 2.读入数据 总结 前言 提示：这里可以添加本文要记录的大概内容： 例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。 提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考 一、pandas是测 示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数据分析任..
用python将基因id转换成基因名
weixin_44343226的博客
05-06 4191
下载python包pyensembl，终端输入 pip install pyensembl 在使用pyensembl之前还要下载相关的Ensembl数据： pyensembl install --release <list of Ensembl release numbers> --species <species-name> eg. pyensembl insta...
常见4种基因ID如何区别？如何转换？
weixin_59289660的博客
08-05 3万+
常用的4中基因ID类型： Gene symbol Entrez ID Ensembl ID Uniprot ID
基因id转换
weixin_30512785的博客
05-09 3762
DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型，我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID，所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型，因为只做ID转换，所以选Gene List就ok了 4 选择你要转换的ID类型，这里我选的ENTREZ_GENE_ID 5 然后选择提交就ok了 ...
基因ID命名及相互转换
qq_20095851的博客
11-01 3万+
整理参考：ID转换不用慌，biomart帮你忙 由于ID来自于不同的数据库，或者说命名的意图不同，所以对于同一个基因，总是有多个不同的ID，最常见的比如entrze ID、ensembl ID、HGNC ID、refseq ID等。 Entrze ID:是美国NCBI数据库中的基因标识符，通常是由纯数字表示，比如人类TP53基因的Entrze ID是7157（注意，不同物种的基因ID是不同的）...
常用Gene ID转换工具--转载
weixin_34153893的博客
02-13 4879
在自己的研究工作中，经常会遇到一些需要对Gene ID进行转换的情况。目前存在着大量的生物信息数据库，每个数据库都有自己定义的ID命名规则，转换起来实在是一个很大的工作。举个例子，之前构建的Human PPI network, 共选用相关数据库有6个，其中对于蛋白的命名相关的形式多达近10中，耗费了一个多月的时间才完成此ID归一化的过程。当然这个过程中是借助相关的Gene ID Coversion...
PyEntrezId：Python工具包实现基因ID转换
1. 基因ID转换工具的介绍: pyEntrezId是一个Python编写的软件包，它可以实现不同基因或蛋白质数据库之间ID的转换。对于生物信息学领域和科研人员而言，经常需要处理不同数据库中对同一基因、蛋白质等生物分子的不同...
用biomaRt进行基因ID转换
leo12354的博客
06-04 1万+
今天，终于学会了之前看上去很神奇的ID转换。之前分析RNA-seq数据结果之后，拿到的结果很让我烦躁，因为，如图。 我怎么知道那个ID是个什么基因？于是乎，我就搜索。 用到了biomart,这个ensmbl网站上的一个工具。大致流程可以参考下面两个链接： 基因转换小工具很实用 批量转换基因名教程 比对着教程，做了一点操作，但是感觉很繁琐，而且，最后的结果和原来CSV文件里的顺序是不一样的，截图如下： 这样受到了限制，因为一次性最多500个基因名，那么我要是有1500个，我要分三次检索，整个过程还算可以忍受
在线基因ID转换神器：Biogeneid
"Biogeneid是一款在线基因ID转换工具，提供免费且便捷的基因ID转换服务，支持44种不同的基因ID类型之间的转换。它具有简洁的用户界面，允许单个或批量转换，并能处理不同物种和ID类型的混合输入。这款工具能够帮助...
GenBank分类法处理工具：从GID到TaxID的转换工具
3. gid-taxid工具：这是一个专门用来转换GenBank ID到TaxID的实用程序。它依据NCBI提供的映射文件gi_taxid_nucl.dmp.gz来实现转换功能。这类映射文件对于基因组学和系统发育学的研究者来说非常有用。 4. NCBI的gi_...
利用BioMart工具实现RNA多种ID批量转换
本文标题“BioMart工具RNA ID转换[源码]”明确指出其核心内容聚焦于如何利用BioMart实现RNA相关标识符（ID）的批量转换，并附带了可供参考或复现的源码资源。结合描述信息可以得知，该文档系统性地讲解了从数据库...
Gene id 转换(四种基因各种id转换方法)
热门推荐
weixin_40739969的博客
04-17 11万+
对于这三种方法的使用参数在代码里面写了，你可以看看 先把基因集对应的注释包安装了，并且加载出来 library(org.Hs.eg.db)#这个是属于注释包，每个基因集可能对应的注释包不一样，要从基因集所在的平台找到对应的注释包，然后从bioconductor获取安装。 基因集准备 data(geneList, package="DOSE") gene <- names(geneList)...
Uniprot ID 批量转化成基因名
weixin_45656366的博客
01-25 6555
1.打开https://www.uniprot.org/（UniProt），选择ID mapping。2.输入蛋白名，选择转化名称类型，点右下角Map ID。4.进入结果界面后点击Download选择合适格式下载。3.跳转到匹配界面，匹配完成后点击Completed。
查找文献中基因名称对应的基因号
最新发布
m0_61966818的博客
04-15 3110
（2）将正反引物序列输入引物框，扩增产物最长长度填写10000（一般基因CDS不会这么长） ，在物种里面选择对应的物种，然后BLAST；（1）一般在补充材料中有相关基因的定量引物或构建载体所使用的引物序列，在NCBI网站中进行Primer-BLAST；有些文献中只有基因名称并未说明基因号，所以无法直接获得基因序列及基因信息，可以根据一下步骤找到对应的基因序列。（3）运行结束后便可得到对应的基因号，并下载对应的基因序列进行验证；
蛋白组学富集分析 uniport id蛋白ID如何进行KEGG和GO富集分析 代谢组学
生信小博士的博客
07-21 7827
目前，已经获得UniProt数据库ID。那么，我们可以直接试用其进行转换即可，方法有两种，一种是直接在KEGG数据库中进行转换，一种是使用云平台进行转换。这里依旧是同样的问题，那么大家看一下代码吧。我个人觉得，这个代码的可靠性更高一些。昨天，有个童鞋咨询如何使用蛋白ID进行功能富集分析，功能富集分析主要是KEGG和GO。使用UniProt数据库的工具UniProtKB ID Mapping（进行隔分的，如果要整理成一列数据，我最开始想到的就是使用。蛋白ID的数据是的使用。等待一段时间，即可完成。
转换基因名称
qq_39306047的博客
09-11 1252
转换基因名称 library(org.Mm.eg.db) library(“clusterProfiler”) gas<-read.csv(‘C:/Users/Administrator/Desktop/ts11/gas9.csv’) gene.df <- bitr(gas$gene, fromType = “ENSEMBL”, #fromType是指你的数据ID类型是属于哪一类的 toType = c(“SYMBOL”), #toType是指你要转换成哪种ID类型，可以写多种，也可以只写一种
常用生物信息 ID 及转换方法
weixin_30879169的博客
07-11 7382
众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换. 常用数据库 ID ID 示例ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5P...
常用数据库的基因ID
watermel__的博客
05-18 1万+
1.Ensembl stable ID ： Ensembl stable ID 的结构是根据不同物种设置的前缀, 加上数据所指的类型, 如基因蛋白质, 再加上一系列的数字. 有的时候可以有不同的版本, 则在 Ensembl ID 后面加上小数点和版本号. 例如：ENS表示物种（human）,G表示基因（gene） 2.UniProt UniProt 中录入的数据都被分配了一个唯一的 entry name，叫做UniProtKB/Swiss-Prot entry name。它是最多有 11 位包含大写.
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