2024年Go最全Gromacs安装教程及一些思考(2)，2024Golang高级面试题总结

最新推荐文章于 2025-03-26 06:17:46 发布

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文章标签： go 学习面试

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最简单的安装方法

按照官方教程：

tar xfz gromacs-2021.5.tar.gz
cd gromacs-2021.5
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

只要按照这些命令，就可以将gromacs安装好。

当然如果你要定制化安装，那就要更加详细的了解gromacs了。

我们需要了解下面的东西：

支持的平台
不同编译器及版本
并行计算
- GPU
- MPI
cmake
Fast Fourier Transform library
- FFTW
- MKL

大概了解了这些之后，我们就要了结合这些了解和cmake来定制化我们的安装过程。

如果对应到上面的安装命令，那就是对下面这句命令进行适应性更改：

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON

下面我们一个一个的介绍这些。

如果不想把gromacs安装到默认的目录，想要自定义安装目录，可以在cmake命令后面加-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/marydoe/programs，加下划线的就是你想自定义安装的目录。

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/marydoe/programs

如果发现cmake找不到一些库文件和头文件，可以使用下面的参数：

CMAKE_INCLUDE_PATH for header files
CMAKE_LIBRARY_PATH for libraries
CMAKE_PREFIX_PATH for header, libraries and binaries (e.g. /usr/local).

如果想使用GPU加速，可以使用下面的参数：

cmake .. -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda

这个需要我们提前安装好cuda。

如果不是Nvdia的显卡，是AMD或者Intel的显卡，我们就不能使用CUDA了，这时我们可以使用OpenCL来加速。可以使用下面的命令：

cmake .. -DGMX_GPU=OpenCL 
cmake .. -DGMX_GPU=OpenCL -DGMX_OPENCL_NB_CLUSTER_SIZE=4
cmake .. -DGMX_GPU=OpenCL -DclFFT_ROOT_DIR=/path/to/your/clFFT -DGMX_EXTERNAL_CLFFT=TRUE

上面的几种命令行情况需要根据不同的情况去使用。

一般来说，gromacs的安装都是使用的动态链接，如果你想使用静态链接，那可以参考下面的使用方法。

Dynamic linking of the GROMACS executables will lead to a smaller disk footprint when installed, and so is the default on platforms where we believe it has been tested repeatedly and found to work. In general, this includes Linux, Windows, Mac OS X and BSD systems. Static binaries take more space, but on some hardware and/or under some conditions they are necessary, most commonly when you are running a parallel simulation using MPI libraries (e.g. Cray).

To link GROMACS binaries statically against the internal GROMACS libraries, set -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF.
To link statically against external (non-system) libraries as well, set -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON. Note, that in general cmake picks up whatever is available, so this option only instructs cmake to prefer static libraries when both static and shared are available. If no static version of an external library is available, even when the aforementioned option is ON, the shared library will be used. Also note that the resulting binaries will still be dynamically linked against system libraries on platforms where that is the default. To use static system libraries, additional compiler/linker flags are necessary, e.g. -static-libgcc -static-libstdc++.
To attempt to link a fully static binary set -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF. This will prevent CMake from explicitly setting any dynamic linking flags. This option also sets -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF and -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON by default, but the above caveats apply. For compilers which don’t default to static linking, the required flags have to be specified. On Linux, this is usually CFLAGS=-static CXXFLAGS=-static.