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RSS订阅原创 ATACseq之Read10X-h5报错：需下载hdf5r R包
在复现scATACseq官网教程的过程当中，读取数据时报错显示缺乏hdf5r包，导致无法对数据进行正常读取。此贴为记录如何解决为何无法按照官网教程下载hdf5包。
2024-08-05 09:53:53
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原创 R装包报错: Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,cannot open URL ‘……‘)
R报错处理；装包
2024-07-23 13:50:08
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原创 R | 正则表达式 | grep gsub sub
正则表达式由普通字符（例如字母、数字）和元字符（例如^、$、*、+）组成，通过特定的规则和语法来描述字符串的模式。
2024-04-02 21:23:58
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原创 R: Error!! : object of type ‘S4‘ is not subsettable
在GO结果处理过程中的报错，但这类报错处理方式可以广泛应用于多种命令。
2024-01-31 22:06:42
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原创 pheatmap更改色度条范围-指定0为白色及不完全操作手册
当进行相关性热图可视化时，会存在正负相关性分布不平均的情况。此时我们会调节色度条范围，但这种操作无法保证0处于白色。因此，通过调节不同数值对应的颜色，使0对应白色。
2024-01-31 21:55:48
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原创 Seurat | 多数据集预处理校正标准化及整合流程 | 大数据集处理
多数据集预处理校正标准化及整合流程 | 大数据集处理以Seurat 4为基础。
2023-07-12 11:43:47
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原创 RunHarmony报错处理 | Error in data.use %*% cell.embeddings : non-conformable arguments
Error in data.use %*% cell.embeddings : non-conformable arguments
2023-06-28 17:53:20
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原创 KEGG两类报错--①No gene can be mapped--②URL ‘https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway‘…
版本问题，重新安装一下clusterProfiler包。网络问题，可以等待之后再试一下（试过不是）（以上可以排除基因不存在的错误因素）
2023-03-14 16:42:20
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原创 转录组数据分析（1）——数据预处理Fastp
Fastp是一个基于C++，支持多线程专门处理FsatQ文件的开源软件。（就是执行速度快，好用，都来用它就是了）Fastp详情特点二级目录三级目录特点进行过滤前后数据的综合质量分析(质量曲线、碱基含量、KMER、Q20/Q30、GC比、复制、适配器内容…)过滤低质量、太短或太对N的数据从滑动窗口(如Trimmomatic，但更快)评估平均质量，来降低5’和3’的低质量数据。修剪所有读数的首尾。二级目录三级目录......
2022-11-19 22:42:02
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原创 WGCNA分析基本教程总结
可用于发现高度相关基因的簇（模块），使用模块特征基因或模块内枢纽基因总结此类簇，将模块与外部样本性状相互关联（使用特征基因网络方法），来度量模块成员分布，进而用于识别候选生物标记物或治疗靶点。...
2022-07-01 11:35:17
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原创 velocyto | scRNA速率计算方法
初学者还不太了解其中原理与步骤，谨记录本人的操作流程与学习心得，抛砖引玉供赏之。官网教程：Tutorial — velocyto 0.17.16 documentationhttp://velocyto.org/velocyto.py/tutorial/大致流程：1、将bam文件转化为loom文件2、将loom文件转化为seruat对象3、对数据进行标准化降维聚类分析4、计算scRNA速率5、展示分化方向安装操作：1、配置环境：（官网上提供几种下载方法，我选的是Ins
2022-04-26 23:29:45
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原创 linux后台运行nohup | 进程查看、终止 | linux基础命令记录
后台运行程序方法一：command &方法二：nohup command &
2022-02-16 11:09:30
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原创 Sublime text编辑器的使用及快捷键的汇总
写在前面：Sublime text是一种跨平台编辑器，很丝滑！支持多平台、即时项目切换、多选择、多窗口等！要看代码！写代码！用代码！就给我用它！
2022-02-12 15:44:30
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原创 Visual Studio Code安利及快捷键学习
之前一直用notepad++编译器，虽然很好用，但某些原因需要换编译器，于是找到这款Visual Studio Code代码编译器。比较好用~
2022-02-10 22:58:47
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原创 R中使用png() / pdf()绘图
绘图代码如下：#对数据integrated进行绘图png("/data1/Jiangss_/"seurat4.umap.markers.png",width=16,height=12,unit="in",res=300)FeaturePlot(integrated, features = genes, min.cutoff = "q9")dev.off()结果出现：绘图结果已保存，但因为执行dev.off()后，当前设备被关闭，所以出现null device。不影响结果产生。
2022-01-22 15:59:18
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原创 R中Error in gzfile(file, mode) : cannot open the connection“Permission denied”
前言：在R中rds文件进行保存。其中integrated为通过R处理过后的单细胞整合数据，将其保存在“integrated.s4.sct.rds”中。执行后发现报错如下：显示连接失败，无法打开此文件，可能原因是无权限。解决办法：首先想到可能是需要创建该文件； 然后发现saveRDS属于base包中，尝试导入base包； 查阅资料后发现，可能需要加上绝对路径。成功解决。saveRDS(integrated,"/data1/Jiangss_/seuratdata/in
2022-01-21 21:59:22
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翻译 Seurat官网教程复现 以及相关问题解决
Seurat是一个针对于单细胞RNA-seq数据处理，探索以及分析的R包。在Seurat4.0版本中，加入了综合多模态分析，采用加权近邻分析来定义细胞状态；还加入了数据集间的快速比对方法，引入Azimuth，即利用高质量参考数据集快速映射新的scRNA-seq数据集。下面以官网指导教程（https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html）为例，对Seurat进行初步熟悉。教程中分析2700例由二代测序产生出的单细胞外周血细胞数据。
2021-12-28 17:12:05
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空空如也
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