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RSS订阅原创 一个针对FLT3中驱动突变的T细胞受体在体内介导了白血病的消除
今天给同学们分享一篇实验文章“A T cell receptor targeting a recurrent driver mutation in FLT3 mediates elimination of primary human acute myeloid leukemia in vivo”，这篇文章发表在Nat Cancer期刊上，影响因子为22.7。结果解读：从健康供体T细胞中诱导FLT3 D835Y -反应性T细胞来自16名HLA-A2阳性健康献血者的幼稚T细胞与自体单核细胞源性
2024-02-05 11:41:38
735
原创 资源有限进行一种集成的等温核酸扩增检测HPV16和HPV18的DNA
在保存的样本中，综合RPA测试检测到12个样本中的12个样本每个反应中的HPV16 DNA拷贝数大于1,000个，并且在2个样本中的1,000-500个HPV16 DNA拷贝数的反应中检测到了1个样本。作者证明了在较低的失活温度75°C下，ACP提供了有效的裂解，这简化了点对点仪器的开发（图S2）。整合的RPA测试在以下情况下检测到HPV16 DNA：在GeneXpert Ct值小于30的5个样本中有4个检测到，Ct值在30-35之间的7个样本中有6个检测到，Ct值大于35的5个样本中有1个检测到。
2024-02-05 11:37:43
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原创 Nat Med | 基于数据的后急性SARS-CoV-2感染亚表型的识别
今天给同学们分享一篇实验文章“Data-driven identification of post-acute SARS-CoV-2 infection subphenotypes”，这篇文章发表在Nat Med期刊上，影响因子为82.9。结果解读：分析流程图1显示了作者的整体分析流程。使用两个CRN，作者从2020年3月至2021年11月提取了对SARS-CoV-2进行核酸扩增或抗原病毒检测呈阳性的患者的电子健康记录（EHR）。作者编制了一个包含137个潜在PASC诊断类别的列表（方法），只保留了在后急性
2024-02-05 11:33:29
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原创 11+双样本孟德尔随机化+敏感性分析，高统计效能+创新性思路
在这项研究中，作者直接比较了遗传易感性2型糖尿病（T2D）和冠心病（CAD）的代谢特征，这两种疾病常常同时存在，但涉及不同的病理生理和临床表现。作者最可靠的结果表明，遗传易感性T2D和CAD具有明显不同的代谢特征，包括成年期T2D中BCAAs的增加以及CAD中LDL-C和载脂蛋白B的降低，这既展示了预防这些常见共同发生的疾病的挑战，也提供了机会。最后，对每种代谢物（合并年龄）、脂肪堆积和药物使用的T2D和CAD遗传倾向的影响进行了估计，并在XY图中进行了可视化，以比较两种疾病对结果的整体影响模式（图5）。
2024-02-04 09:16:04
1156
原创 5+单基因+免疫浸润+单细胞+实验，思路简单易复现
结果显示，HOPX的表达在25例中显著上调，包括ACC（肾上腺皮质癌）（p < 0.001）和BRCA（乳腺浸润性癌）（p < 0.001）（图1A），而与正常组相比，SKCM肿瘤组的HOPX表达要低得多（p < 0.001）（图1B）。先前的GO/KEGG分析和免疫评分分析显示，HOPX的表达与多种免疫细胞类型的浸润有关，而免疫细胞相关性分析显示，HOPX的表达与T细胞的浸润最为密切（图第6E段）。总之，研究结果表明，HOPX的表达可能与免疫系统的调节有关，特别是与T细胞等免疫细胞的参与有关。
2024-02-04 09:14:51
688
原创 6+单基因+单细胞+实验，干湿结合是生信分析发文最真诚的必杀技
CXCR4高表达患者中IDH WT的比例较高（N=4，44%），而CXCR低表达组中IDH WT的比例较低（IDH WT N=0，0%），但这种差异在统计学上没有达到显著性（卡方检验，p=0.08）。较高的CXCR4表达与MES标记物CD44的表达水平呈正相关（Spearman r = 0.60，p = 8.9e-7），与PN标记物Olig2的表达水平呈负相关（Spearman r = -0.39，p = 2.814e-3）（图1C，D），表明CXCR4表达与PMT相关。今天给同学们分享一篇生信文章“
2024-02-02 17:26:21
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原创 Nat Med | 儿童急性淋巴细胞白血病基因组景观中的药物类型
今天给同学们分享一篇实验文章“Pharmacotypes across the genomic landscape of pediatric acute lymphoblastic leukemia and impact on treatment response，这篇文章发表在Nat Med期刊上，影响因子为82.9。结果解读：与ALL药物敏感性的临床特征相关联对805名患者的白血病细胞进行了18种药物的敏感性测量（图1和表1），共计5,447个50%致死浓度（LC50）测量值（附表1和附表2）。同时，作
2024-02-02 17:21:17
453
原创 7+双样本孟德尔随机化“得分神器”的双向孟德尔果然名不虚传
总之，这项研究建立了PLC和CRC之间的遗传关联，为精确预防PLC后的SPC-CRC提供了重要依据，提示作者应更加关注SPC-CRC的发生率，并尽早进行干预和治疗。
2024-02-02 17:03:41
766
原创 8+单细胞+先天淋巴细胞（IL1C），设计方向有很高的创新性
在UMAP中可视化，CD49a + CD200R1 + CD94 + NKp80 − 细胞与聚类6有很大的匹配度，支持LT-ILC1相关特征（图1C，1D和S1F）的鉴定，如强大的CXCR6，CD127，CD52和CD161表达，但只有部分CD103和CD9的表达（图2G和2H）。尽管在单细胞RNA测序分析中检测到的群集10细胞（LT-ILC1s）中检测到了极低水平的PRF1和GZMB转录本（图1F），但LT-ILC1s在细胞内流式细胞术中未表达可检测到的穿孔素或颗粒酶B（图3A）。
2024-01-23 18:09:22
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原创 7+细胞焦亡+ceRNA+实验验证，如何脱离套路求创新？
此外，Kaplan-Meier曲线显示，PAAD患者中AIM2（图2A，P = 0.012），CASP3（图2B，P = 0.009），CASP4（图2C，P = 0.021），CASP5（图2D，P = 0.035），CASP6（图2E，P = 0.032），CASP8（图2F，P = 0.034），GSDMC（图2G，P = 0.024），IL18（图2H，P = 0.032），NLRP2（图2I，P = 0.002）和PYCARD（图2J，P = 0.028）表达低的患者存活时间较长。
2024-01-23 18:05:04
1071
原创 泛癌+单细胞+预后模型，纯生信思路也能轻取12+
与全癌症标记（INFG.Sig [76]，T.cell.inflamed.Sig [76]，PDL1.Sig [77]，LRRC15.CAF.Sig [78]，NLRP3.Sig [79]和Cytotoxic.Sig [80]）相比，Stem.Sig在测试集中表现最佳，AUC为0.71，其次是INFG.Sig，AUC为0.66（图5A）。然而，Stem.Sig在所有队列中都取得了足够好的表现，涵盖了四种癌症类型：SKCM，GBM，UC和GC，进一步强调了它作为全癌症ICI反应预测模型的潜力（图5B）。
2024-01-23 18:04:21
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原创 Nat Cancer | 白细胞介素17信号支持在黑色素瘤中的临床益处
HR, 0.32）基线IL-17A水平（图（图5c））。首先，作者检查了IL-17A中和抗体（α-IL-17A）和重组小鼠IL-17A（rm-IL-17A）对ICI敏感的MT/ret源原发性皮肤黑色素瘤（CM）小鼠模型（人类ret基因，BRAF-WT）肿瘤生长动力学的影响。值得注意的是，未经治疗的肿瘤（TCGA-SKCM数据）中已经存在与IL-17相关的T H 17细胞、树突状细胞和中性粒细胞的升高，这表明黑色素瘤的亚群可能具有预先存在的免疫组成，可能决定了对双重ICI前线治疗的易感性。
2024-01-22 10:21:46
467
原创 Sci Transl Med | 自体中和抗体在早期抗逆转录病毒治疗中增加
尽管在即将开始ART治疗的时间点，对当时病毒的aNAb反应几乎没有证据，但有证据表明，在抑制性ART期间，aNAb反应增加了，因为与治疗中断后立即的时间点相比，对前ART病毒的aNAb滴度显著增高（配对P=0.002），中位数半最大抑制稀释（ID 50 ）血浆中和滴度（1/x）：19与353（图2）。6名参与者的结果显示，与ART前的血浆相比，ART期间的血浆对ART前病毒表现出显著更高的中和滴度（这6名参与者的中和滴度（1/x）的中位数：21与496，配对P=0.03；今天给同学们分享一篇实验文章“
2024-01-22 10:18:55
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原创 Nat Med | 特定密码子的KRAS突变预测
导语今天给同学们分享一篇实验文章“Codon-specific KRAS mutations predict survival benefit of trifluridine/tipiracil in metastatic colorectal cancer”，这篇文章发表在Nat Med期刊上，影响因子为82.9。结果解读：KRAS突变作为FTD/TPI治疗的潜在生物标志物作者首先对一个真实世界的发现队列进行了全基因组分析，该队列由来自荷兰13家医院的37名公开可用的Hartwig Medical Fou
2024-01-22 10:17:14
926
原创 7+单细胞+空转+实验验证，如何根据内容开展相关经验给你启发
由于NK细胞和T细胞也是来源于淋巴样祖细胞，因此NK细胞和T细胞在发育上更为接近，成熟的NK细胞在激活后会表达CD3（T细胞的特征基因），而成熟的NK细胞的细胞毒性反应与CTL类似（Abel等，2018）。在NEOLP中，基底膜基本完整，零星的T细胞进入上皮层，而在EOLP中，CD8 Trm细胞明显积聚在糜烂的上皮下，数量明显高于NEOLP，并且在某些地方黏膜上皮基底膜不清晰，更多的T细胞进入黏膜上皮层，其中一些是CD8 Trm细胞（图5A-D）。作者的研究有两个限制。今天给同学们分享一篇生信文章“
2024-01-09 17:14:23
865
原创 通过多组学调查揭示人类原发性和转移性脑肿瘤中T细胞表型多样性
值得注意的是，除了招募和激活T细胞的能力外，来自pTRT细胞高表达的BrM的TAM还表达了高水平的IDO1，这表明它们可能具有抑制T细胞的特性（扩展数据图6c）。根据scRNA-seq确定的C3的频率、通过批量RNA-seq分析的CD8 + T细胞中C3特异基因的富集程度，或者通过FCM检测到的CD39 + CCR7 low CD8 + T细胞的丰度，将脑转移瘤（BrM）的个体分为pTRT细胞高或pTRT细胞低两组（扩展数据图4c）。CD4和CD8 T细胞群体在血液和肿瘤样本中分离（图2a，底部）。
2024-01-09 17:13:29
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原创 7+坏死性凋亡+分型+预后模型+实验，筛坏死性凋亡相关基因并建模
今天给同学们分享一篇生信文章“MLKL and other necroptosis-related genes promote the tumor immune cell infiltration, guiding for the administration of immunotherapy in bladder urothelial carcinoma”，这篇文章发表在Apoptosis期刊上，影响因子为7.2。结果解读：67个坏死性凋亡的遗传特征和转录变异该研究分析了先前研究中与坏死程序性细胞死亡相关
2024-01-09 17:12:22
614
原创 5+氧化应激+WGCNA+ceRNA+分子对接，网药纯生信也能轻松发5+？
如图10所示，作者筛选了34个关键基因，并发现当度值大于平均值时，选择了18个基因（IL1B，GSK3B，NOS3，RELA，CDK4，HSP90AB1，NR3C1，FOXO1，JAK2，CDK2，HSPA8，CDK5，HSPA5，CHEK1，HDAC2，PTK2，DNMT1，PTPN1）。为了探索关键基因与焦痂死基因之间的相关性，作者进行了关键基因与焦痂死热点基因（IL1A，IL1B，IL18，GZMB，GZMA，GSDMB，CYCS，CHMP2B，CASP5，BAK1）的相关性分析。
2024-01-08 23:13:00
974
原创 7+非肿瘤纯生信，分型+机器学习，寥寥数图就可以拿下7+
因此，作者应用SVM模型，基于5个中枢DEIGs和2个临床参数，即抑郁和BMI，构建了不同炎症亚型的分类器。结果显示，C1组的炎症反应高于C2组和正常组，尤其是在他们的孩子期，神经炎症反应（图3E）。与非炎症亚型相比，微炎症亚型中活化的树突状细胞和自然杀伤细胞的比例较高，但非炎症亚类型中效应记忆CD8 T细胞的比例更高（图4A）。作者进一步评估了失调的免疫细胞评分和炎症反应评分之间的相关性，作者发现活化的树突状细胞与炎症反应和神经炎症反应呈正相关（图4B，C），表明FM中的微炎症可能与活化的树突细胞相关。
2024-01-08 23:11:45
567
原创 新颖度爆表。网络药理学+PPI+分子对接+实验验证
MDA的信息在附加文件2：表S2中进行了概述。此外，MDA的结果显示，20个SMs中，槲皮素和槲皮素的结合能为-8.2 kcal/mol，是最低分数（图3B），这表明这些SMs（槲皮素和槲皮素）可以与VEGFA产生强大的结合亲和力（图3C、D）。GASTM网络显示了GM（60个节点，绿色圆圈）或AS（1个节点，绿色圆圈）、PI3K-Akt信号通路（1个节点，绿色圆圈）、靶点（4个节点，橙色圆圈）和代谢物（56个节点，蓝天圆圈）之间的关系，共有122个节点和155条边（图4）。今天给同学们分享一篇生信文章“
2024-01-08 23:10:56
1361
原创 代谢相关+机器学习+预后相关生信思路，思路不复杂，一出手就是5+
图5H) 然而，B细胞、疲劳T（Tex）细胞、髓源性抑制细胞（MDSC）、浆细胞样DC细胞（pDC）、调节性T细胞（Tregs）、抑制性T细胞（suppressive Tregs）、过渡性疲劳CD8 T细胞和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在高风险组样本中富集程度统计上更高（所有p < 0.050;（图7C）在整个队列中，该图表评分的AUC分别为0.730、0.719和0.693，与其他变量相比，在2年、3年和5年总生存率方面具有更好的预后效果。经过一系列的生物信息学和统计分析，该标志的预测能力得到了证实。
2024-01-06 11:45:08
992
原创 身体的多组学特征识别出异质的健康表型和对生活方式干预的反应
今天给同学们分享一篇实验文章“Multiomic signatures of body mass index identify heterogeneous health phenotypes and responses to a lifestyle intervention”，这篇文章发表在Nat Med期刊上，影响因子为82.9。结果解读：Arivale队列特征作者选择了一个由1,277名成年人组成的研究队列，他们参与了一个科学健康计划（Arivale），并且从同一次采血中进行了血浆代谢组学、蛋白质组学和
2024-01-06 11:44:10
847
原创 纯生信也能发7+单细胞+WGCNA+预后模型，发sci就是稳
为了进一步评估风险模型的有效性，计算了OS的ROC曲线，并且1、2、3、4和5年的AUC值大于0.59，表明风险模型的疗效更好（图6F）。结果显示，高表达组在肌肉发生、MYC靶基因V2、早期雌激素反应、胰岛素β细胞、DNA修复、MYC靶基因V1、顶端连接、KRAS信号通路、过氧化物酶体、IL6 JAK STAT3和血管生成的MYC靶基因等标记条目中被激活，而低表达组在缺氧、脂肪生成、血红素代谢、胆汁酸代谢、干扰素α反应通路、凝血和其他标记条目中被激活（图9C、D）。今天给同学们分享一篇生信文章“
2024-01-06 11:42:14
1461
原创 PPI+机器学习+免疫浸润+实验验证，如此简单也能发4+
随后，使用这些算法获得了四个交集的基因，AMDHD1、FMO1、LPL和P4HA1（图3E），并将其定义为NAFLD中的代谢相关生物标志物（MRBs）。结果显示，八种免疫细胞的丰度存在显著差异，包括活化的和中央记忆的CD4 T细胞、未成熟的和活化的树突状细胞（DC）、效应记忆的CD8 T细胞，肥大细胞、髓源性抑制细胞（MDSCs）和T卵泡辅助细胞（Tfh）（图4A）。结果显示，与训练队列中的HC组相比，NASH组患者的FMO1和LPL表达水平增加，AMDHD1和P4HA1表达水平降低（图6A）。
2024-01-05 11:46:22
965
原创 综合分析突变揭示了27种儿童癌症之间的不同模式和分子过程
今天给同学们分享一篇实验文章“Comprehensive analysis of mutational signatures reveals distinct patterns and molecular processes across 27 pediatric cancers”，这篇文章发表在Nat Cancer期刊上，影响因子为22.7。结果解读：27种儿童癌症的体细胞突变频率从作者先前发表的研究中收集了785个全基因组测序的肿瘤-正常对的数据集（PedPanCan队列，PPC-WGS，https:/
2024-01-05 11:45:22
846
原创 泛素蛋白酶体+预后模型+单细胞，多机制强强联合拿下5+
此外，在NC/PD部分的状态中，高UPPRS患者更多（65.5% vs. 48.2%，p < 0.05，图4A）。如图8A所示，PSMB4是最丰富的基因，相反，UBE2D1是最不丰富的基因，这可以通过图8B中的突变谱解释，其中PSMB4主要被扩增到9％，而UBE2D1更常见的是缺失。重要的是，UPPRS可以进一步分层中等风险（ISS/R-ISS = II）的多发性骨髓瘤患者，那些UPPRS高的患者的总生存期比UPPRS低的患者更差，这在两个队列中都得到了证实（图5C、D和图S4C）。
2024-01-05 11:44:14
927
原创 Nat Med | 多组学神经病理学在儿科神经肿瘤学中提高了诊断准确性
导语今天给同学们分享一篇实验文章“Multiomic neuropathology improves diagnostic accuracy in pediatric neuro-oncology”，这篇文章发表在Nat Med期刊上，影响因子为82.9。结果解读：患者招募和样本处理在为期4年的时间内（2015年4月至2019年3月），共有1,204名患者提供了可用的甲醛固定、石蜡包埋（FFPE）肿瘤组织，其中排除了163名未满足纳入标准的患者（117例复发，23例回顾性登记，12例转移，11例成年人）（图
2024-01-04 14:30:23
900
原创 基于网络的HDAC6活性评估预测了乳腺癌对HDAC6抑制剂的反应
预期的是，尽管这些数据集之间存在明显的分析技术和样本准备协议的差异，但原始和更新的HDAC6调控基因组对HDAC6活性的预测强烈交集（p = 1.7E-33，扩展数据图1b和附表1）。为了实现这个目标，作者首先评估了根据HDAC6评分分析预测为HDAC6i的乳腺肿瘤样本的比例，包括BRCA-TCGA和METABRIC数据集（约3,000个原发性肿瘤），以及癌细胞系百科全书（CCLE）中可用的BC细胞系集合（47个细胞系）（扩展数据图1a）。因此，作者决定进一步研究c-Myc是否可以成为HDAC6的底物。
2024-01-04 14:29:18
946
原创 5+共病+WGCNA+机器学习+免疫浸润，经典共病生信思路，轻松拿5+
今天给同学们分享一篇生信文章“Identification of biomarkers for the diagnosis of chronic kidney disease (CKD) with non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) by bioinformatics analysis and machine learning”，这篇文章发表在Front Endocrinol (Lausanne)期刊上，影响因子为5.2。结果解读：通过WGCNA鉴定了NAFL
2024-01-03 14:46:22
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原创 7+非肿瘤+WGCNA+机器学习+诊断模型，构思巧妙且操作简单
具体而言，作者评估了模块2的GOBP血小板活化（图2B）和GOBP血小板聚集（图2C）的活性。作者通过计算这些队列中每个样本的风险得分，评估了作者的PRS在训练组和验证组中的预测能力（图4A、C）。随后，作者采用ROC分析来确定作者的模型的诊断潜力。然后，作者通过WGCNA中的“pickSoftThreshold”函数选择软阈值β（图1D），并识别模块（图1C）。总之，虽然作者的研究突出了PRS作为RA诊断工具的潜力，但还需要进一步研究来解决上述限制，并全面评估作者的方法在RA诊断和管理中的临床实用性。
2024-01-03 14:44:28
700
原创 维生素B5和琥珀酰辅酶A可以改善SF3B1基因突变引起无效造血过程
从3例MDS患者（SF3B1 mut -H662Q/H662Q/K700E）和3名年龄相配的健康供体（HDs）的骨髓细胞中，分别在正常氧（20% O 2 ）和缺氧（3% O 2 ）条件下进行了集落形成实验（30, 31）（图1B-E）。因此，作者的分析重点放在可能影响这两个途径的剪接事件上，并导致了辅酶A（CoA）合酶（COASY）基因的剪接错误的鉴定（图3A-C，S1B-F）。直接沉默COASY导致CoA显著耗竭（p<0.0001）（图S3E），这与作者的SF3B1突变模型得到的数据一致（图S3F）。
2024-01-03 14:43:02
993
原创 7+衰老+WGCNA+机器学习+实验，非肿瘤领域的衰老相关研究
MCL1和诊断图具有最高的诊断价值（AUC=1.000），其他基因的诊断价值如下：JUN（AUC=0.960），SIK1（AUC=0.955），NFKBIA（AUC=0.976）和JUND（AUC=0.968）（图9D）。为了提高Hub OA-ARDEGs诊断OA的准确性，作者使用了三种机器学习算法，LASSO（图7A，B），SVM-RFE（图7C，D）和随机森林（图7E，F），来筛选OA-ARDEGs。此外，五个中心节点OA-ARDEGs在OA的诊断能力方面表现出色，可能成为OA诊断和治疗的新靶点。
2023-12-29 15:04:59
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原创 炎症状态重塑了急性髓系白血病的免疫微环境并改善了风险分层
进一步的差异表达分析，将恶性细胞的不同亚群与健康供体中相应的细胞进行比较（恶性HSPC样细胞与健康供体HSPC进行比较，恶性髓系样细胞与健康供体髓系细胞进行比较），揭示了与炎症过程相关的一些基因的异常表达，包括II类抗原呈递（HLA-DRA，HLA-DMA，HLA-DPB1和HLA-DPA1），S100报警蛋白（S100A6，S100A4和S100A12），趋化因子（CXCL8）和干扰素应答基因（IRF2BP2，ISG15，IFI44L和IFI27）（图2d，e和补充表4）。今天给同学们分享一篇实验文章“
2023-12-29 15:03:52
905
原创 7+WGCNA+机器学习+泛癌生信思路,非肿瘤也能结合泛癌分析
作者还从GTEx数据库下载了正常组织数据，并发现CYFIP2在BRCA、CHOL、COAD、DLBC、ESCA、HNSC、OV、PAAD、PCPG、PRAD、READ、SKCM、TGCT、THCA和THYM中强烈表达，而在BLCA、CESC、GBM、KICH、KIRC、KIRP、LGG、LIHC和LUAD中表达较弱（图10B）。GO富集分析显示模块DEG基因具有T细胞激活、细胞间粘附调节、细胞激活的正调节、负向调节细胞激活、细胞外质膜、膜漂浮区、膜微区、细胞因子受体结合、抗原结合和免疫受体活性（图3C）。
2023-12-29 15:03:09
1429
原创 7+非肿瘤+线粒体+PPI+机器学习+实验，多套路搭配干湿结合
此外，进一步分析免疫细胞的浸润表明细胞之间存在复杂的相关性（图7c），例如效应记忆CD8 T细胞/自然杀伤T细胞（0.87）、活化的树突状细胞/髓系抑制细胞（0.87）、自然杀伤细胞/自然杀伤T细胞（0.85）、浆细胞样树突状细胞/自然杀伤细胞（0.86）、巨噬细胞/调节性T细胞（0.84）、活化的树突状细胞/巨噬细胞（0.83）。作者通过全面的生物信息学分析确定了AD和ND之间的DEGs，并进一步研究了与AD相关的线粒体基因，并阐明了中心线粒体DEGs与免疫细胞、免疫微环境和AD病理之间的紧密关系。
2023-12-27 21:48:38
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原创 这才是单基因泛癌的正确切入姿势。干湿结合精准拿下5+
如图3a所示，32个分析的肿瘤中有24个有一个以上的突变，8个肿瘤没有突变，包括LAML、ACC、KICH、KIRP、MESO、PCPG、TGCT和THCA。特别是在肝细胞癌中，SOX4的表达与CD19、CD38、CD8A、CD8B、CXCR5、ICOS、BCL6、CCR3、GATA3、TGFBR2、IRF4、IL21R、IL23R、STAT3、CCR10、AHR、CCR8、CTLA4、CD68、CD80、CD86、XCL1、CD7、MPO和CD1C呈正相关，与ARG1和CD14呈负相关。
2023-12-27 21:47:27
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原创 5+共病+WGCNA+实验。共病+实验搭配是经典的得分套路
KEGG对肥胖症中的差异表达基因（DEGs）的注释分析显示，该途径主要包括细胞因子-细胞因子受体相互作用（P = 4.17E-05）、病毒蛋白与细胞因子及细胞因子受体的相互作用（P = 9.32E-06）、趋化因子信号通路（P = 4.17E-05）以及脂质和动脉粥样硬化（P = 0.0029）（图1C）。同样，通过GSEA，作者确认细胞因子和细胞因子受体基因在COPD和肥胖症中同时上调，但在这两种病理状态中呈相反的趋势（附图1C、D）。作者的结果表明，炎症和损伤修复是肥胖和COPD中的主要共同特征。
2023-12-27 21:46:33
948
原创 5+双硫死亡+分型+实验，双硫死亡又上大分。干湿结合拿下5+
临床结果分析表明，与基因亚型A和C相比，基因亚型B中的LUAD样本具有更好的预后概率（p < 0.001，图4C）。作者发现，在低DAG评分组中的258个LUAD样本中，有226个样本（87.6%）存在体细胞突变，而在高DAG评分组的238个LUAD样本中，有221个样本（92.86%）存在体细胞突变（图10I，10J）。随后，作者评估了DAG得分在不同临床变量中的预后价值，并发现在不同年龄、性别和分期组中，DAG得分高的LUAD样本的生存结果较差，与DAG得分低的样本相比（图7B-7D）。
2023-12-25 21:34:36
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原创 年龄相关的微环境变化突显了PDGF-C在ER+乳腺癌转移复发中的作用
今天给同学们分享一篇实验文章“Age-associated microenvironmental changes highlight the role of PDGF-C in ER+ breast cancer metastatic relapse”，这篇文章发表在Nat Cancer期刊上，影响因子为22.7。结果解读：ER乳腺癌转移复发的同种模型为了研究控制ER乳腺癌复发的机制，作者对四株据报道为ER的小鼠乳腺肿瘤细胞系进行了表征。RNA测序（RNA-seq）证实，与先前报道一致，EMT6细胞表现出克
2023-12-25 21:33:37
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原创 8+WGCNA+免疫+实验，干湿结合的经典生信思路，可冲
与EBV-样本相比，EBVaGC组织中CD8+ T细胞的比例更高（图1D），滤泡辅助T细胞（图1G）和巨噬细胞M1（图1J）的比例也更高，而B细胞记忆（图1C），CD4记忆静止T细胞（图1E），静止NK细胞（图1H），CD4激活记忆T细胞（图1F），巨噬细胞M0（图1I），树突状细胞（DCs）静止（图1K）和活化肥大细胞（图1L）的比例较低。此外，棕色模块基因的高表达，包括BIN2（图5D），ITGAL（图5E）和LILRB1（图5F），与巨噬细胞/单核细胞和髓样树突状细胞的比例增加相关。
2023-12-25 21:32:25
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空空如也
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