STAR建索引内存不够

STAR建索引内存不够，我们服务器100多G的内存居然不够，这是什么鬼，STAR版本STAR-2.5.2b。调整你的limitGenomeGenerateRAM参数就可以了。

STAR

--runThreadN 40

--runMode genomeGenerate

--genomeDir ./star_index

--genomeFastaFiles GRCh38.p13.genome.fa

--sjdbGTFfile gencode.v32.annotation.gtf

--sjdbGTFfeatureExon exon

--sjdbGTFtagExonParentTranscript transcript_id #默认为transcript_id

--sjdbOverhang 74

--limitGenomeGenerateRAM 160007489408

STAR建索引特别吃内存，能把你服务器内存吃光，然后给你报错。此时你就要根据你的内存设置limitGenomeGenerateRAM参数，此处设置比所需内存高一点点，如果低于所需内存也会报错。另外线程数可以设置高一点，2个线程我跑了两天多没跑出来，40个线程只要一个小时左右，内存消耗会因为线程数变多而增加，不过不用担心，并不会成倍增加，40个线程内存消耗也就增加了10%。