Installing Bioperl on Windows

本文解决了在中文版Windows环境下使用ActiveState Perl 5.10.0.1008安装PPM时遇到的数据库文件打开失败的问题,并提供了一个临时解决方案,即设置ACTIVEPERL_PPM_HOME环境变量指向一个不含扩展Unicode字符的路径。

I just installed ActiveState Perl 5.10.0.1008 Win 32 and tried to launch ppm.

Either with the gui command or with the command line (ppm install PAR) I get the same error message :

ppm install failed: DBI connect('dbname=C:/Users/李丽伟/AppData/Local/ActiveState/ActivePerl/1008/ppm-MSWin32-x86-multi-thread-5_10.db','',...) failed: unable to open database file(1)

The directory c:/winnt/... /1002 is correctly created, but nothing inside.
I wonder if this may have something to do with the fact that I have a Chinese Windows, with an accentuated character in the above path which should be :

C:/Users/李丽伟/AppData/Local/ActiveState/ActivePerl/1008

Set the ACTIVEPERL_PPM_HOME environment variable to point to a directory without extended Unicode characters in its name and PPM will try to maintain its database in this directory instead.

Example:

cmd:

set ACTIVEPERL_PPM_HOME=c:/perl/temp

ppm

It works perfectly!

Problem:

I have to set the ACTIVEPERL_PPM_HOME environment whenever I want to launch my ppm.

 

Then Install Bioperl .

Installation using the Perl Package Manager

GUI Installation

1) Start the Perl Package Manager GUI from the Start menu.
2) Go to Edit >> Preferences and click the Repositories tab. Add a new repository for each of the following (note the difference based on the perl version). NOTE - The DB_File installed with ActivePerl 5.10 and above is a stub (i.e. it does not work). The Trouchelle database below has a working DB_File.

Repositories to add
Name perl 5.8 perl 5.10
BioPerl-Regular Releases http://bioperl.org/DIST http://bioperl.org/DIST
BioPerl-Release Candidates http://bioperl.org/DIST/RC http://bioperl.org/DIST/RC
Kobes http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms http://cpan.uwinnipeg.ca/PPMPackages/10xx/
Bribes http://www.Bribes.org/perl/ppm http://www.Bribes.org/perl/ppm
Trouchelle http://trouchelle.com/ppm http://trouchelle.com/ppm10
tcool http://ppm.tcool.org/archives/ NA

3) Select View >> All Packages.
4) In the search box type bioperl.
5) Right click the latest version of Bioperl available and choose install. (Note for users of previous Bioperl releases: you should not have to use the Bundle-BioPerl package anymore.)
5a) From bioperl 1.5.2 onward, all 'optional' pre-requisites will be marked for installation. If you see that some of them complain about needing a command-line installation (eg. XML::SAX::ExpatXS), and you want those particular pre-requisites, stop now (skip step 6) and see the 'Command-line Installation' section.
6) Click the green arrow (Run marked actions) to complete the installation.
<think> 首先,用户的问题是关于在Windows上安装Ubuntu时出现错误代码0x80080005(Server execution failed)的解决方法。用户提供了几个引用,我需要参考这些引用,并基于我的知识生成回答。 回顾用户提供的引用: - 引用[1]:针对错误0x80080005,建议了两种解决方法:一种是命令行操作msiexec,另一种是重装Installer服务,包括删除文件、重命名文件和设置权限。 - 引用[2]:提到在Ubuntu环境中设置环境变量,但这似乎与Windows问题无关。 - 引用[3]:关于TensorFlow成功打开CUDA库的日志,似乎也与Windows安装Ubuntu的问题无关。用户特别提到这些引用仅供参考,不是真正的需求,所以我应该主要关注引用[1],因为它直接相关。 用户上一次的问题和我的回答:在之前的对话中,用户没有特定的上下文,因为这是新问题。第一条消息是系统指令,然后用户直接提出了这个问题。所以,我需要基于问题本身和提供的引用。 关键错误:0x80080005(Server execution failed)。这在Windows上下文中通常与Windows Installer服务相关。 用户的具体场景:在Windows上安装Ubuntu。这可能指的是使用Windows Subsystem for Linux(WSL)或虚拟机安装Ubuntu。常见的方式是WSL,因为错误代码0x80080005经常在安装程序如WSL时出现。 在WSL安装过程中,错误0x80080005通常表示Windows Installer服务有问题。引用[1]提供了解决方案,我应该采纳并结合我的知识。 结构化我的回答: 1. **确认问题**:解释错误代码,并关联到安装Ubuntu的场景(如WSL)。 2. **提供解决方案**:基于引用[1]和一般知识,列出步骤。 - 方案一:命令行操作(msiexec)。 - 方案二:重装Installer服务。 - 其他建议:如检查服务状态、更新Windows等。 3. **引用处理**:在回答中引用相关段落,末尾添加引用标识如[^1]。 4. **生成相关问题**:在回答结束时,添加相关的问题来扩展话题。 5. **格式要求**: - 使用中文回答。 - 行内数学表达式用$...$,但我这里可能不需要数学表达式,除非有方程。 - 独立公式用$$...$$,但在这种技术问题中可能不适用。 - LaTeX语法正确。 - 回答结构清晰,逐步解决问题。 潜在解决方案: - 错误0x80080005通常是由于Windows Installer服务损坏或权限问题。 - 常见修复:重新注册Windows Installer服务。 - 对于WSL安装,确保Windows功能如Hyper-V、Virtual Machine Platform启用;确保系统更新到最新。 基于引用[1]: - 方案一:运行命令`msiexec /unregister`然后`msiexec /regserver`。 - 方案二:在安全模式下删除和重命名特定文件,然后重装Installer。 - 检查DCOM权限(针对Windows 2000 Server,但可能适用于其他版本)。 针对Windows 10/11上的WSL安装: - 确保WSL功能启用:在PowerShell以管理员身份运行`wsl --install`。 - 如果遇到错误,尝试修复Windows Installer服务。 我的回答应包括: 1. 简要介绍错误。 2. 逐步解决方案。 3. 引用来源。 4. 相关问题。 相关问题生成(§§相关问题§§): 1. 如何启用Windows Subsystem for Linux? 2. 如果在安装过程中遇到其他Windows Installer错误怎么办? 3. WSL安装后的常见配置问题有哪些? 确保回答真实可靠:基于标准Windows故障排除知识。 </think> ### Windows上安装Ubuntu时错误0x80080005(Server execution failed)的解决方案 在Windows上安装Ubuntu(通常通过Windows Subsystem for Linux, WSL),出现错误代码0x80080005(Server execution failed),通常是由于Windows Installer服务损坏或权限问题导致的[^1]。Windows Installer是负责安装、修复和卸载应用程序的系统服务,其故障会影响WSL或虚拟机安装过程。下面我将基于可靠知识和参考引用,提供分步解决方案。请操作前确保您拥有管理员权限,并备份重要数据。 #### 步骤1: 重新注册Windows Installer服务(推荐首选方案) 这是最常见且简单的修复方法,基于引用[1]中的建议: 1. 以管理员身份打开命令提示符(搜索“cmd”,右键选择“以管理员身份运行”)。 2. 依次输入以下命令: ```cmd msiexec /unregister msiexec /regserver ``` 3. 尝试重新安装Ubuntu(例如,运行 `wsl --install -d Ubuntu`)。 - 如果成功,错误解决;如果不成功,继续步骤2。 #### 步骤2: 重装Windows Installer服务(如果步骤1无效) 如果重新注册无效,可能服务文件已损坏。参考引用[1],需在安全模式下操作: 1. **重启到安全模式**: - Windows 10/11:设置 > 更新和安全 > 恢复 > 高级启动 > 立即重新启动 > 疑难解答 > 高级选项 > 启动设置 > 重启 > 按F4或F5进入安全模式(带网络)。 2. **删除损坏的文件**: - 打开文件资源管理器,导航到 `C:\Windows\System32`。 - 删除以下文件:`msi.dll`, `msiexec.exe`, `msihnd.dll`(如果文件缺失,跳过)。 - 导航到 `C:\Windows\System32\dllcache`,删除相同文件。 3. **重命名相关文件**: - 在 `C:\Windows\System32` 目录下,重命名以下文件为 `.old` 扩展名: ```cmd cabinet.dll.old imagehlp.dll.old msimsg.dll.old msls31.dll.old mspatcha.dll.old riched20.dll.old shfolder.dll.old usp10.dll.old ``` 4. **下载并安装新版本的Windows Installer**: - 访问 [Microsoft官方下载页面](https://support.microsoft.com/en-us/topic/windows-installer-4-5-redistributable-for-windows-xp-windows-server-2003-windows-vista-and-windows-server-2008-is-available-7c1f6630-ef6c-2e2e-9e9f-9a6c11e0e4d6),下载适用于您Windows版本的Installer(例如,Windows Installer 4.5 for Windows 8/10/11)。 - 运行安装程序,完成后重启电脑。 5. **检查权限设置**(针对Windows Server或旧系统,引用[1]): - 运行 `dcomcnfg` 打开组件服务。 1. 导航到“组件服务” > “计算机” > “我的电脑” > “DCOM配置”。 2. 找到“Windows Installer”,右键属性 > “安全”选项卡,确保Administrator有完全控制权限。 - 设置“Windows Installer”服务属性: 1. 运行 `services.msc`,找到“Windows Installer”服务。 2. 右键属性 > “登录”选项卡 > 勾选“允许服务与桌面交互”。 - 确保Administrator对 `C:\Windows\Installer` 目录有完全控制权限(右键目录 > 属性 > 安全 > 编辑)。 #### 其他通用建议 - **启用Windows功能**:WSL安装需要依赖功能。打开“控制面板” > “程序和功能” > “启用或关闭Windows功能”,勾选“Windows Subsystem for Linux”和“Virtual Machine Platform”,确认后重启。 - **更新Windows**:运行Windows Update确保系统最新(错误有时由系统bug引起)。 - **尝试替代安装方法**:如果以上失败,使用Microsoft Store安装Ubuntu或手动下载WSL内核包。 - 如果问题持续,检查事件查看器(`eventvwr.msc`)中的应用程序日志,过滤错误0x80080005获取更多细节。 这些步骤基于Windows Installer故障的通用修复原则和引用[1]的方案[^1]。大多数情况下,步骤1即可解决。完成后,建议验证安装:在PowerShell运行 `wsl -l -v` 查看Ubuntu状态。
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