TCGA肿瘤样本基因信息库（一）

最新推荐文章于 2025-12-15 21:10:21 发布

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#数据库

最近开始分析TCGA这个数据库中的一些SNV信息(single nucleotide variation).

先整理出第一篇知识列表，如下：

TCGA的全称和目的
TCGA中的样本来源和编号
TCGA中各样本的突变类型
肿瘤的突变频率举例

1. TCGA的全称和目的

全称- The Cancer Genome Atlas，译作癌症基因组图谱，是美国国立癌症研究所(NCI，National Cancer Institute)和美国国立人类基因组研究所(NHGIRI，National Human Genome Research Institute)启动的肿瘤研究项目。主要是通过大规模的基因组测序和分析技术去研究癌症致病的分子基础，提高我们对癌症的诊断，治疗和预防能力。

2. TCGA中的样本来源和编号

TCGA中的样本来自美国以及全世界的各个医院，主要由亚利桑那州，菲尼克斯的International Genomics Consortium (IGC) 和俄亥俄州的哥伦布市的Nationwide Children's Hospital (NCH) 的生物标本核心资源库(Biospecimen Core Resource ，BCR)提供，包含了37种肿瘤类型，总样本接近15000例子。

初期样本编号采用一种 7个字段的barcode进行管理