苹果推出SimpleFold:轻量级蛋白质折叠预测AI模型

苹果研究人员最近开发了一款名为SimpleFold的轻量级人工智能模型,专门用于蛋白质折叠预测。这项技术旨在简化现有复杂模型的计算需求,同时保持高精度预测能力。

要理解SimpleFold的意义,首先需要了解蛋白质折叠预测的重要性。谷歌DeepMind开发的AlphaFold是这一领域的突破性模型,能够根据氨基酸序列预测蛋白质的三维结构。这项技术在开发更有效的药物以及全新材料方面具有极大价值。

在几年前,蛋白质结构预测还是一个极其困难的问题。预测单个蛋白质的三维原子结构可能需要数月甚至数年时间。但得益于AlphaFold、AlphaFold2,以及其他先进模型如RoseTTAFold和ESMFold,这一预测过程现在只需几小时甚至几分钟,具体时间取决于硬件性能。

尽管这些模型都能达到很高的准确性,但它们通常需要极其昂贵的计算资源,并且框架结构非常严格。苹果研究人员指出,现有模型普遍依赖复杂的计算框架和严格的结构要求。

与传统方法不同,SimpleFold采用了2023年引入的流匹配模型技术。这种模型在文本到图像和文本到3D模型中已经证明非常受欢迎。流匹配模型是扩散模型的演进版本,但它不是简单地从初始图像中迭代去除噪声,而是学习一条更平滑的路径,直接将随机噪声一次性转换为完成的图像。

由于这种方法跳过了许多去噪步骤,因此计算成本更低,生成结果更快。这正是SimpleFold相比现有模型的主要优势所在。

苹果研究人员训练了多个不同规模的SimpleFold模型,参数规模包括1亿、3.6亿、7亿、11亿、16亿和30亿参数。他们在两个广泛采用的蛋白质结构预测基准上进行了评估:CAMEO22和CASP14,这些都是测试折叠模型泛化能力、鲁棒性和原子级精度的严格测试。

测试结果非常令人鼓舞。SimpleFold在保持高精度的同时,显著降低了计算

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