如何批量下载Pubmed 几千篇文章呢 ，以肺癌诊断/治疗为例子 . Python 自动化脚本 Zotero + 插件 NoteExpress EndNote

针对肺癌诊断和治疗的综述批处理下载，核心流程与前列腺癌类似，但需调整检索策略和筛选关键词以精准定位目标文献。以下是优化后的操作方案：

---

一、构建肺癌诊断/治疗的精准检索式

推荐基础检索式（PubMed）

("Lung Neoplasms"[MeSH] OR "lung cancer"[Title/Abstract] OR "lung carcinoma"[Title/Abstract])
AND (diagnosis OR treatment OR therapy[Title/Abstract])
AND (review[Publication Type] OR "systematic review"[Title/Abstract])

进阶主题检索（分方向）

根据搜索结果中的热点领域 ，可细化检索式：

诊断方向（结合2025年指南更新 ）

# 影像学+AI诊断
("computed tomography"[Title/Abstract] OR "CT scan"[Title/Abstract] OR "artificial intelligence"[Title/Abstract] OR "liquid biopsy"[Title/Abstract])
AND "lung cancer diagnosis"[Title/Abstract]

# 分子检测
("molecular testing"[Title/Abstract] OR "EGFR mutation"[Title/Abstract] OR "PD-L1"[Title/Abstract] OR "ctDNA"[Title/Abstract])

治疗方向（靶向与免疫治疗是2025重点 ）

# 靶向治疗
("targeted therapy"[Title/Abstract] OR "EGFR inhibitors"[Title/Abstract] OR "ALK inhibitors"[Title/Abstract] OR "KRAS G12C"[Title/Abstract])

# 免疫治疗
("immunotherapy"[Title/Abstract] OR "immune checkpoint inhibitors"[Title/Abstract] OR "PD-1/PD-L1"[Title/Abstract])

# 早期/围手术期治疗（2025指南新增 ）
("neoadjuvant"[Title/Abstract] OR "perioperative"[Title/Abstract] OR "adjuvant therapy"[Title/Abstract])

---

二、PubMed 批量导出优化

1. 设置过滤器：在检索结果左侧筛选

   • Article types: Review, Systematic Review, Meta-Analysis, Guideline
   • Publication dates: 2020-2025（获取近5年进展）
   • Species: Humans
   • Languages: English（或中文）

2. 分批导出：每批次最多10,000篇

   • 点击 “Send to” → “File”
   • Format: PMID list 或 XML（用于后续脚本处理）
   • 如需题录信息，选择 “MEDLINE” 格式

---

三、文献管理软件批量方案

EndNote 全自动流程

# 步骤：
1. 创建新库 "Lung Cancer Diagnosis & Therapy 2025"
2. Online Search → 选择 "PubMed (NLM)"
3. 复制完整检索式（如上述靶向治疗检索式）
4. 执行 "Retrieve All" 导入文献（可能返回5000+篇）
5. 全选 → 右键 "Find Full Text" → **配置机构VPN权限**
6. 自动下载（预计成功率50-70%）

去重提示：EndNote 自动去重后，建议手动复核近2年高频引用文献。

Zotero + 插件（免费方案）

• 安装 Zotero Scihub 插件补充下载
• 使用 Zotfile 插件自动重命名PDF（按"年份_作者_标题"格式）

NoteExpress（中文友好）

根据搜索结果 ，可批量导入中文指南：

• 在 CNKI 或 万方 检索"肺癌诊疗指南2025"
• 导出 NoteExpress 格式题录
• 与 PubMed 英文文献合并管理

---

四、全文批量获取高级技巧

1. PMC 开放获取（成功率最高）

# 在PubMed检索式末尾添加过滤器
AND (free full text[sb] OR pmc[sb])

# 使用 PMC-OAI 服务批量下载
# 访问：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/oai/
# 输入PMID列表，批量获取PDF/XML

2. 2025年权威指南优先获取

根据搜索结果 ，手动下载必读指南：

• 《中华医学会肺癌临床诊疗指南（2025版）》 ：在中华肿瘤杂志官网获取
• 《NCCN Guidelines: Non-Small Cell Lung Cancer》 （2025.v5）
• 《ASCO Guidelines on Immunotherapy》 （2025更新）

3. Python 自动化脚本（诊断类文献示例）

from Bio import Entrez, Medline

Entrez.email = "your_email@university.edu"

# 检索肺癌AI诊断综述（基于搜索结果）
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", 
                       term="(lung cancer[Title/Abstract]) AND (artificial intelligence[Title/Abstract]) AND review[pt]",
                       retmax=2000, mindate=2020, maxdate=2025)
pmids = Entrez.read(handle)['IdList']

# 批量获取摘要与DOI
fetch_handle = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmids, rettype="medline", retmode="text")
records = Medline.parse(fetch_handle)

for record in records:
    title = record.get("TI", "N/A")
    doi = record.get("LID", "N/A").split(" ")[0]  # 提取DOI
    print(f"{title}\nDOI: {doi}\n")
    # 后续可通过DOI使用Sci-Hub或机构权限下载

---

五、肺癌综述筛选精要（基于2025年研究进展）

诊断领域热点

• 液体活检：ctDNA 甲基化标志物（如 LunaCAM-S 模型）可检出<1.2cm结节
• AI辅助诊断：深度学习模型（DeepLN）良恶性鉴别准确率>92%
• 早期筛查：低剂量螺旋CT（LDCT）+ 三维重建技术（Tre-LDCT）

治疗领域必看方向

1. 靶向治疗更新（2025版指南 ）：

   • EGFR exon20ins：Amivantamab联合化疗（PAPILLON研究）
   • KRAS G12C：Adagrasib 后线治疗
   • HER2突变：Trastuzumab deruxtecan

2. 免疫治疗革新 ：

   • 围手术期：CheckMate-77T、KEYNOTE-671 研究支持化疗免疫+手术+辅助免疫
   • 晚期：PD-L1≥1% 患者一线免疫单药或联合

3. 中国方案特色 ：

   • 超早期（IA1期）诊断率提升至27.9%（国际仅6.6%）
   • 5年生存率59%，早期达90.4%

快速筛选技巧

• 在 PDF 文件夹中搜索关键词：
  • "EGFR" → 定位靶向治疗综述
  • "neoadjuvant" → 定位围手术期治疗
  • "ctDNA" → 定位液体活检诊断

---

六、推荐批量下载工作流（2025年）

周日：PubMed检索 → 导出PMID（约3000-5000篇）
周一：EndNote导入 → 自动去重（约10-15%重复率）
周二：Find Full Text批量下载（预计成功800-1500篇）
周三：Python脚本补充DOI解析 → Sci-Hub补漏
周四：手动下载5篇必读指南（NCCN/ASCO/中华医学会）
周五：按主题分类（诊断/靶向/免疫/手术）
周六：快速浏览摘要 → 标记高优先级精读文献（约50-100篇）

通过此流程，您可在1-2周内构建起涵盖2025年最新进展的肺癌诊断与治疗综述文献库，直接服务于指南更新与临床决策参考 。