TCGA数据集解读和数据下载

利用TCGA数据：基因注释与下载关键资源的指南
最新推荐文章于 2025-06-13 11:08:53 发布
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#基因组

本文介绍了如何从TCGA数据库获取基因id注释信息，包括从UCSC下载数据和处理不同gencode版本带来的问题。重点提到TCGAbiolinks等工具在临床数据下载中的作用，以及如何注释甲基化探针。

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从参考文献【2】下载数据
表达量矩阵的基因的id的注释信息->encode.v22.annotation.gene.probeMap

参考文献

[1]TCGA数据库 | 临床数据不仅仅只有clinical.tsv
[2]从UCSC下载TCGA数据
[3]使用不匹配的gencode的gtf版本信息会导致近一半ID无法转化
[4]TCGA 数据下载分析利器 —— TCGAbiolinks（二）临床数据下载
[5]TCGA RNA-seq数据更新后的下载与读取
[6]生信专栏 | TCGA数据下载友好型——利用UCSC xena下载
[7]3种方法注释你的甲基化探针

TCGA 数据下载
Dargon2的博客
05-20 1872
TCGA TCGA 数据库是目前最大的癌症基因信息数据库，TCGA的全面不仅仅体现在众多癌型上，还体现在多组学数据，包括基因表达数据、miRNA表达数据、拷贝数变异、DNA甲基化、SNP。 数据下载 肿瘤研究经常需要下载相关数据，目前可以通过官网（http://www.cbioportal.org/）直接下载，或者xenabrowser 下载。 xena下载比较简单，选择需要研究的癌症种类，直接下载所需的文件就可以了。 https://xenabrowser.net/datapages/?hub=https
tcga数据下载_TCGA数据挖掘（二）：数据下载与整理
weixin_39850167的博客
11-19 5185
关于TCGA数据库中的数据下载，我们之前有介绍过R语言下载包：R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据，同时在介绍数据库的使用教程中也介绍了在线下载以及官方下载工具下载：TCGA数据库使用教程。在线下载以及官方下载工具下载的数据是分开的，每个样本的数据的独立的，需要自己合并，这需要会R，Python 或者 perl 等编程语言（文末补充内容介绍）。这里我们先介绍TCGAbiolinks...
从TCGA下载数据集
weixin_66309610的博客
10-24 2424
2.下载专用下载工具（1.从tcga官网（
学习笔记 — TCGA 临床数据的下载与整理
swangee的博客
08-23 1万+
TCGA数据库临床数据下载与整理
从TCGA下载图像数据
wwy
06-13 508
点击DGC Apps，选择Data Transfer Tool ，下载对应工具，解压，并导入已下载的数据文件，使用./gdc-client download -m gdc_*****.txt -d out_directory 其中，-d out_directory用于指定输出文件即可开始下载数据。可以将筛选出的数据加入到Cart中，点击Manifest，下载准备要下载的数据文件。如果已有队列，点击文件夹查找自己的队列，1.登录TCGA数据库网站。
TCGA数据集介绍及数据下载
weixin_44192389的博客
06-07 1万+
TCGA（The cancer genome atlas，癌症基因组图谱）由 National Cancer Institute(NCI，美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute（NHGRI，美国国家人类基因组研究所）于 2006 年联合启动的项目， 收录了各种人类癌症（包括亚型在内的肿瘤）的临床数据，基因组变异，mRNA表达，miRNA表达，甲基化等数据，是癌症研究者很重要的数据来源。File目录下包含七类，分别是：略Cases目录下包含1
精选资源
TCGA-BLCA-mRNA表达数据（TPM）-膀胱癌表达及临床数据集整理
01-18
标题中的“TCGA-BLCA-mRNA表达数据（TPM）-膀胱癌表达及临床数据集整理”指的是The Cancer Genome Atlas (TCGA)项目中关于膀胱癌（BLCA）的数据，具体聚焦于mRNA转录水平的表达数据，以Transcripts Per Million (TPM...
一、TCGA数据分析流程，从数据下载到差异可视化！-- UCSC xena
qq_40995864的博客
09-07 9773
癌症基因组图谱 (TCGA) 是一项具有里程碑意义的癌症基因组学计划，它对 20,000 多个原发性癌症和 33 种癌症类型的正常样本进行了分子表征。NCI 和美国国家人类基因组研究所的这项合作始于 2006 年，汇集了来自不同学科和多个机构的研究人员。在接下来的十几年里，TCGA 生成了超过 2.5PB 的基因组、表观基因组、转录组和蛋白质组数据。这些数据已经提高了我们诊断、治疗和预防癌症的能力，并将一直向供研究界的任何人使用。其中TCGA选择研究的。
精选资源
TCGA-LUAD-mRNA表达数据（TPM）-肺腺癌表达及临床数据集整理
01-18
TCGA-LUAD-mRNA表达数据（TPM）-肺腺癌表达及临床数据集整理是一份重要的生物信息学资源，特别适用于癌症研究。这个数据集包含来自The Cancer Genome Atlas (TCGA)项目的肺腺癌（Lung Adenocarcinoma, LUAD）患者的...
TCGA所有癌种临床数据整理
最新发布
08-22
TCGA项目的临床数据整理工作不仅涉及数据收集、清洗和隐私保护，还包括了数据解读。对临床数据进行深入分析，可以揭示不同癌种的临床特征和患者预后因素。通过与基因组数据的整合分析，研究人员能够更加全面地理解...
TCGA数据下载及全流程分析（更新中）
01-20
一、GDCRNATools包下载 首先下载R包 if (!requireNamespace(BiocManager, quietly = TRUE)) install.packages(BiocManager) BiocManager::install(GDCRNATools) 下载好之后运行，以COAD数据为例，下载： library(GDCRNATools) gdcRNADownload(project.id = TCGA-COADREAD, data.type = RNAseq, write.ma
下载TCGA工具
03-26
下载TCGA数据用，这个优点我觉得在于下载数据的实时性有保证，并且它也是从官网下载的，最主要它支持断点下载。。。就算你网再不稳定。。睡一觉总能下好了
新版TCGA数据转录组表达数据下载及整理（R语言）
weixin_52486108的博客
04-05 2万+
新版TCGA转录组数据整理——R语言（傻瓜式代码）
TCGA 数据下载 —— TCGAbiolinks 简单使用
dxs18459111694的博客
05-27 7713
前言数据查询harmonized 数据库1. 甲基化数据：复发肿瘤样本2. 查询甲基化和表达数据3. 查询原始数据获取 manifest 文件获取 ATAC-seq 数据数据下载与处理查询和下载数据GDCprepare下载 CNV 数据下载转录组数据下载 DNA 甲基化数据下载蛋白质组数据下载临床数据下载 SNV 数据下载单细胞数据是一个利用GDC API接口来查询、下载和分析TCGA数据库的数据的R包数据查询和下载数据的常规分析可视化该包可以从上安装稳定版本if (!或者从GitHub。
TCGA数据集下载
m0_54998120的博客
05-06 429
下载两个数据，一个sample sheet，一个是mainfest（这个文件结合gdc来下载数据）linux食用方法 工具下载好之后直接解压，在解压处输入指令即可开始下载。点击repository进入仓库，从左侧栏目中确定筛选条件。打开工具，导入mainfest文件，即可开始下载。-d out_directory用于指定输出文件。进入tcga官网时，不要用网页翻译，会出错。进入官网，点击感兴趣的组织部位。将选择的数据加入到购物车。点击CART进入下载页面。
2024年TCGA基因表达数据下载(最新版)
ZxVSaccount的博客
09-16 2901
TCGA 全称 The Cancer Genome Atlas ，即癌症基因组图谱。它是一个大型的癌症研究项目，旨在通过对大量癌症患者的样本进行全面的基因组分析，来深入了解癌症的发生、发展机制。TCGA 收集了多种癌症类型的样本，包括肿瘤组织和正常组织，并对这些样本进行了基因测序、基因表达分析、DNA 甲基化分析等多种组学层面的研究。TCGA数据库中包含了多种肿瘤类型的数据，如乳腺癌、肺癌、结直肠癌、肾癌等，其中每个肿瘤类型的数据都是由不同实验室和机构采集和上传的，数据涵盖了。
最新TCGA数据下载与整理
qq_37327056的博客
05-02 1万+
以TCGA-BRCA下载为例最先关联一下这哥们的总结，感觉挺到位。http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/317本人尝试了用最原始的方法下载，速度稳定，下载也快，但需要整理的地方很多，首先是文件与样本id的匹配，再一个就是数据提取与标准化。最终整合到一个文件中。如果用  简易TCGA下载工具V2  下载，会出现下载过程卡顿现象，但可以续点下载。两种方法下...
tcga数据下载_零代码下载TCGA数据库第一期
weixin_39842237的博客
11-19 527
TCGA数据库目前是科研中最常用的数据库之一，其中储存着多种疾病的各组学的数据，借助该数据库，帮助了很多研究生们发表了自己的文章，达到了毕业条件。但是，如果你是刚入门的新手，不用担心，跟着我们的系列推文，完成TCGA数据库的认识与下载，开启TCGA数据库的大门。今天我们就来学习一下TCGA数据库中癌症的RNAseq数据下载。1.TCGA数据库简介TCGA数据库全称为The Cancer Genom...
TCGA数据集介绍及数据下载指南（新手友好篇）
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Wendy的博客
09-17 6万+
目录一、TCGA数据集介绍1.1 数据集介绍1.2 File介绍1.2.1 Data Category（数据类别）1.2.2 Data Type（数据类型）1.2.3 Experimental Strategy（实验策略）1.2.4 Workflow Type（工作流类型）1.2.5 Data Format（数据格式）1.2.6 Platform（平台）1.2.7 Access1.3 Cases介绍1.3.1 Case ID（案例编号）1.3.2 Primary Site（主要站点）1.3.3 Progra
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