Amber11安装及注意事项

Amber11安装及注意事项

本次安装的系统为CentOS 5.3 x64位版本，假设所有的编译器已经装好，环境变量已经设置好（GNU）。

本次安装需要用到以下文件：
Amber11及AmberTools 1.5（Amber11需要购买，AmberTools可以到 http://ambermd.org/ 下载）
Amber11.tar

AmberTools-1.5.tar.bz2
bugfix.all（for AmberTools 1.5）

apply_bugfix.x（for Amber11）

bugfix.1to17.tar.bz2（for Amber11）

OPENMPI并行器（可以到 http://www.open-mpi.org/下载）
openmpi-1.4.3.tar.bz2

假设以上文件均位于/public/soft文件夹内，下面开始安装。安装使用的编译器为GNU系列（gcc/gfortran），并行器为openmpi 1.4.3版本。

开始：$cd /public/soft

1.$ tar xvfj AmberTools-1.5.tar.bz2
2.$ tar -xvf Amber11.tar

3.$ cp bugfix.all apply_bugfix.x  bugfix.1to17.tar.bz2 ./amber11

接下来我们回到用户的根目录，编辑.bashrc文件
4.$ cd ~

$ vi .bashrc

  在文件最后添加如下代码并保存：
  #amber11
  export AMBERHOME=/usr/local/amber11

exportPATH=$PATH:/usr/local/amber11/bin

$ source .bashrc （编译.bashrc）

5.$ cd /usr/local/amber11

6.$ patch -p0 -N < bugfix.all

 7. $ chmod 700 apply_bugfix_all.x

8.  $ ./ apply_bugfix_all.x  bugfix.1to17.tar.bz2

 

AmberTools 1.5串行版安装：

9.$ cd AmberTools/src
10.$ ./configure gnu
11. $ make serial

AmberTools 1.5串行版安装完成。

测试AmberTools串行版(可Amber11及AmberTools-1.5完全安装后再测试，推荐过程中测试)：

$ cd$AMBERHOME/AmberTools/test

$ make test

 

设置AmberTools1.5的环境变量：

$ vi ~/.bashrc

#MPI AmberTools

export MPI_HOME=$AMBERHOME/AmberTools

export PATH=$AMBERHOME/AmberTools/exe:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/$AMBERHOME/AmberTools/lib:$LD_LIBRARY_PATH

$ source .bashrc（编译.bashrc）

AmberTools 1.5的环境变量设置完成。

Amber11串行版安装：

$cd AmberTools/src

$./configure gnu

$cd $AMBERHOME

$./AT15_Amber11.py

$cd src

$make serial

Amber11串行版安装完成

   测试Amber11串行版(可Amber11及AmberTools-1.5完全安装后再测试，推荐过程中测试)：

  $ cd $AMBERHOME/test

   $ make test

安装和配置并行器openmpi ：

安装openmpi-1.4.1.tar.bz2（gnu版）：

$ tar xvjfopenmpi-1.4.1.tar.bz2

$ cdopenmpi-1.4.1

$ ./configure--prefix=/public/soft/ompi140-gnu CC=gcc CXX=g++ F77=gfortran-enable-mpirun-prefix-by-default --with-memory-manager=none --with-openib=/usr

$ make –j 8

$ make install

将openmpi140-gnu安装在：/public/soft/ompi140-gnu

配置文件 /etc/profile

$vi  /etc/profile

#for openmpi140-gnu

export MPI_HOME=/public/soft/ompi140-gnu

export  PATH=${MPI_HOME}/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=${MPI_HOME}/lib:$LD_LIBRARY_PATH

$source /etc/profile

OPENMPI并行器安装配置完毕

 Amber11并行版安装：

 $ cd $AMBERHOME/AmberTools/src

$ make clean

$ ./configure –mpi gnu

$ cd $AMBERHOME

$ ./AT15_Amber11.py

$ cd src

$ make clean

$ make parallel

Amber11并行版安装完成

              测试Amber11并行版(可Amber11及AmberTools-1.5完全安装后再测试，推荐过程中测试)：

    $ cd $AMBERHOME/test

    $ export DO_PARALLEL=’mpirun –np 4 ’

    $ make test.parallel

 

安装过程注意事项：

*注1：如果机器是64位的，那么安装的软件也要求是64位的。

*注2：查看机器是什么系统的，例如：mips、intel、 opteron。编译器根据不同的CPU类型有不同的选择，intel核心建议使用intel的编译器，opteron核心建议使用pgi的编译器。强烈不推荐gnu的编译器，运行效率太低。Opteron一般不支持intel编译器，所以可选择gnu或pgi编译器。保证编译并行库和AMBER时使用相同的编译器和相同的编译选项。

*注3：编译时要使用相同的编译选项，要么都编成32位的，要么都编成64位的。不能并行库编成32位，而AMBER编成64位，反之亦然。

*注4：并行库有OpenMPI，LAM和MPICH等，OpenMPI比较好用。同时，MPICH支持1000兆网速，不支持Inifiband高速网，在高性能机上，采用并行，选择OpenMPI，如果在一般的集群，可采用MPICH

*注5：如果采用pgi编译器，有一个针对不同CPU的选项（-tp），要格外注意，编译前可以使用man帮助系统查看一下。AMBER9所附带的netcdf库似乎有个问题。这个库的Makefile文件独立于AMBER生成的config.h，因而在某些体系下会出现配置不一致的情况，导致链接时找不到库函数的定义。解决办法就是手工修改netcdf目录下的Makefile文件，使它的编译器、编译和链接选项与AMBER的生成文件一致。这个问题好像只在pgi/opteron的情况下遇见过。

*注6.注意测试并行版前要设置一下环境变量，比如： export DO_PARALLEL =‘mpirun -np 4’ ，根据不同的机器其实际参数不一样。

*注7：configure_openmpi所支持的OPENMPI版本为1.4.2和1.4.3
*注8：MKL这次支持10.0或11.0系列版本。如果使用的是9.0系列或更早的版本，在configure的时候需要加上-oldmkl参数
*注9：并行器的参数进行了简化，不管用什么并行器，参数均为-mpi（前提是设置好环境变量）