phylophylan对全基因组scaffold建树

# 1.基因预测
source activate prokka
for file in LWJ/*.fna; do
  # 提取文件名（不含路径和扩展名）
  filename=$(basename "$file" .fna)
  # 构建运行命令
  prokka $file --outdir $filename --prefix $filename --kingdom Bacteria
done
source deactivate

# 2.复制文件到一个新的文件夹faa中（这个只是为了自己方便）
mkdir faa
for file in G/*/*.faa; do
filename=$(basename "$file" .faa)
  # 提取文件名（不含路径和扩展名）
cp $file faa/$filename.faa
done


# 3.用phylophylan

source activate phylophlan3

# for protein

# 3.1. 设phylophlan参数，得到phylophlan_faa.cfg
phylophlan_write_config_file \
-d a \
-o phylophlan_faa.cfg \
--db_aa diamond \
--map_aa diamond \
--msa mafft \
--trim trimal \
--tree1 iqtree \
--tree2 raxml \
--verbose > log.cfg

# 3.2. 运行phylophlan
phylophlan -i faa  -d phylophlan --diversity high -f phylophlan_faa.cfg --nproc 3 -o LWJ_phylophlan_output_faa
# -i 这个是输入文件夹

用时：56个样品，7个小时

软件版本：

prokka 1.13

PhyloPhlAn version 3.1.68

参考
https://mp.weixin.qq.com/s/XqqnsC1TLKiVIdd7dq4l_g
https://www.jianshu.com/p/8cb78c402547

最后的输出文件夹：

中间文件prokka文件夹