9、生物信息学开源软件工具与蛋白质结构预测

生物信息学开源软件工具与蛋白质结构预测

1. 生物信息学中的Biopython工具

1.1 简介

Biopython由多个Python模块组成，主要用于处理与DNA、RNA和蛋白质序列相关的数据操作，例如识别修饰后的蛋白质序列以及DNA字符串的反向互补。它提供了许多解析器，可用于处理常见的数据库，如GenBank、FASTA、Swissport等，还能在Python环境中提供执行其他流行生物信息学工具（如NCBI、Entrez等）的接口。此外，它还有如BioJava、Bioperl和BioRuby等兄弟项目。

Biopython是国际开发者协会的项目，可在Python（http://www.python.org）中免费使用，用于计算分子生物学过程。网站http://www.biopython.org为生物信息学中基于Python的软件开发人员提供了处理脚本、模块和网络链接的在线资源。该工具主要用于Python编程，有助于开发高质量的可重用模块和脚本。

其主要版本支持的功能包括：
- 使用数据结构在Python中解析生物信息学文件。
- 逐记录迭代支持的格式文件。
- 开发处理在线生物信息学数据的代码。
- 为常见生物信息学程序提供接口。
- 建立通用的标准序列类。
- 提供执行常见操作的工具。
- 连接BioSQL，这是一个支持Bioperl和BioJava项目的序列数据集。

1.2 目标

Biopython旨在以Python语言为生物信息学提供简单、标准和广泛的访问途径，其具体目标如下：
- 提供对生物信息学资源的标准化访问。