yin1331102028yin的博客

文献阅读——IDPs蛋白

蛋白设计学习

随着alphafold2突破性预测蛋白结构的成功，学术界也开始尝试探索如何使用它进行高精度的蛋白序列设计。在RosettaCon2018大会上TopoBuilder由Bonneau实验室提出，为了克服非规则Motif结构难以搜索到可移植的Scaffold的问题。TopoBuilder是很好的创建理想化拓扑结构的工具，具有多个维度进行拓扑定义，并且可以通过二级结构之间的距离进行Loop搜索，遍历所有的组合形式，来产生Denovo的Scaffold。该算法已成功应用在鸡尾酒法疫苗设计当中。