本文探讨了化学信息学中分子相似性的测量方法，包括散列指纹、Tanimoto系数、特征键等，以及如何通过这些方法在数据集中寻找与查询结构相似的目标结构。详细介绍了各种工具包的比较方式，如OEChem的行话比较，以及一些工具包可能使用的形状描述符。
使用工具包首选的比较方法比较两种不同分子的相似性。如果分子完全不相似，则结果必须为0.0；如果分子完全相似，则结果必须为1.0。
在化学信息学中，一个常见的任务是在数据集中找到与查询结构相似的目标结构。“相似”一词定义不清。取而代之的是定义明确的测量方法，希望与化学家所说的类似方法有很好的相关性。
每个工具包都有不同的方法。一些使用散列指纹和Tanimoto，另一些使用特征键。OEChem更倾向于与行话进行比较，行话是建立在不令人惊讶的微笑基础上的。有些工具包甚至可能使用形状描述符。
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