报告两个结构之间的相似性-Report the similarity between two structures

本文探讨了化学信息学中分子相似性的测量方法,包括散列指纹、Tanimoto系数、特征键等,以及如何通过这些方法在数据集中寻找与查询结构相似的目标结构。详细介绍了各种工具包的比较方式,如OEChem的行话比较,以及一些工具包可能使用的形状描述符。

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使用工具包首选的比较方法比较两种不同分子的相似性。如果分子完全不相似,则结果必须为0.0;如果分子完全相似,则结果必须为1.0。

在化学信息学中,一个常见的任务是在数据集中找到与查询结构相似的目标结构。“相似”一词定义不清。取而代之的是定义明确的测量方法,希望与化学家所说的类似方法有很好的相关性。

每个工具包都有不同的方法。一些使用散列指纹和Tanimoto,另一些使用特征键。OEChem更倾向于与行话进行比较,行话是建立在不令人惊讶的微笑基础上的。有些工具包甚至可能使用形状描述符。

 

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