yangqijia1的博客

PCA作为常见的一种聚类分析方法，在很多SCI论文中均有出现。

R语言之长宽数据转换之前计算物种和抗性基因之间的相关性的时候得了一些宽数据，如下，这里想把它转换为长数据。这里使用两种方法：Tidyr包中的gather函数data <- read.csv("R.csv")#这里直接读入数据第一列的数据直接也包含在了数据中，方便后续直接选定不进行聚合，结构如下图1R_long <- gather(R,key = "species",value = "value",-'x')#这里默认聚合的是所有的列名，聚合后命名为species，其他所有的数值被聚合

16S测序和宏基因组测序区别测序原理不同16SrDNA基因存在于所有细菌的基因组中，具有高度的保守性。该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp左右的序列。宏基因测序测试将微生物基因组DNA随机打断成500bp的小片段，然后再片的两端加入通用引物进行PCR扩增测序，再通过组装的方式，将小片段拼接成较长的序列。研究目的不同16S测序主要研究群落的物种组成、物种间的进化关系以及群落的多样性。宏基因组测序在16S测序的基础上