从头配置PyTorch Geometric

1. 新建一个虚拟环境

conda creat -n your_env_name

进入虚拟环境

conda activate your_env_name

2. 安装PyTorch，指定版本，并指定镜像

pip3 install torch==1.8.0 torchvisio==0.9.0 torchaudio==0.8.0 -i https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple

3. 查看自己的PyTorch版本和cuda版本

python -c "import torch; print(torch.__version__)"

1.8.0

python -c "import torch; print(torch.version.cuda)"

cu102

4.按照官方指南

1）pip3 install torch-scatter -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.8.0+cu102.html

2)pip install torch-sparse -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.8.0+cu102.html

3) pip install torch-cluster -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.8.0+cu102.html

4) pip install torch-spline-conv -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.8.0+cu102.html

5) pip install torch-geometric

 

 

显示安装成功，但import时一直出错，踩了若干坑，记录一下，方便遇到同样情况的同学

 

问题1：

ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (required by /home/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/scipy/_lib/_uarray/_uarray.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so)
解决过程：

参考https://blog.youkuaiyun.com/lwgkzl/article/details/77658269，尝试conda install libgcc，安装了GLIBCXX_7.X，未解决问题；

参考https://blog.youkuaiyun.com/gdkyxy2013/article/details/111191043，由于没有root权限，不能设置软连接，未解决问题；

最后，通过重新安装低版本scipy解决：将scipy 1.5.4 降级为1.2.1，直接pip install scipy==1.2.1 -i https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple，成功解决这个问题；

 

问题2：

ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/numba/core/typeconv/_typeconv.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so)

解决：将numba 替换为0.50.0版本即可，（尝试了其他几个更低版本的，都会报错）

pip install numba==0.50.0 -i https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple