VMD看似轻巧,可是却是非常强大的蛋白质可视化软件,有点类似Blender短小精悍~
之前导师(做生物的)让我做一个展示内容,要能用VR来观察蛋白质分子的各种形态,以及他们的动画,于是我就简单研究了一下,借助师兄师姐的帮助,在这里做一个简单的总结。VR部分我就不说了。
首先,在PDB数据库(http://www.rcsb.org/)中下载你想要的蛋白质,主要,下载蛋白质的PDB文件,然后导入VMD中,VMD的下载链接(https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD)
注意,先点击Browse,找到你的PDB文件,然后确定,再按Load。这个时候你就能看到你的蛋白质模型了。
如何显示不同的蛋白质模型?打开Graphics下的Representations,在Drawing Method选择不同的类型,可以看到默认的是Lines,一般蛋白质都喜欢用飘带模式观察并用颜色来表示其二级结构,所以,我们选择NewCartoon作为其