BLAST-动态规划算法

这篇博客介绍了如何使用Java编程实现BLAST算法,这是一个基于动态规划的生物信息学工具,用于序列比对。作者提供了详细的代码实现,包括得分矩阵的初始化、最佳路径的选择以及回溯过程,以展示两条序列的比对结果。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

BLAST是Basic Local Alignment Search Tool的缩写,它是生物信息学中最常用的工具,工作中每天都会用到。今天闲来无事,自己用java写了一段代码来实现这一功能。
算法思想很简单,利用动态规划,全局的最优解即所有局部的最优解的集合。代码里两个碱基若匹配得1分,不匹配和空位(对应碱基的插入或缺失)都会罚1分,这是最简单的打分函数,实际的要远比这复杂,这里不做讨论。

//@author:Jiuyu
public class Blast {
	public static String reverse(String s)
	{
		String r_s= "";
		char [] a = s.toCharArray();
		for(int i =a.length-1;i>=0;i--)
		{
			r_s += a[i];
		}
		return r_s;
	}
	public static String pairaln(String seq1, String seq2){
		// scoring scheme
		int MATCH    =  1; // +1 for letters that match
		int MISMATCH 
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