BLAST-动态规划算法

最新推荐文章于 2023-04-20 10:17:52 发布

护士衫下

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分类专栏： Java 文章标签： balst 动态规划生物信息学

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/wujiuyu5/article/details/43405995

这篇博客介绍了如何使用Java编程实现BLAST算法，这是一个基于动态规划的生物信息学工具，用于序列比对。作者提供了详细的代码实现，包括得分矩阵的初始化、最佳路径的选择以及回溯过程，以展示两条序列的比对结果。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

BLAST是Basic Local Alignment Search Tool的缩写，它是生物信息学中最常用的工具，工作中每天都会用到。今天闲来无事，自己用java写了一段代码来实现这一功能。

算法思想很简单，利用动态规划，全局的最优解即所有局部的最优解的集合。代码里两个碱基若匹配得1分，不匹配和空位（对应碱基的插入或缺失）都会罚1分，这是最简单的打分函数，实际的要远比这复杂，这里不做讨论。

//@author:Jiuyu
public class Blast {
	public static String reverse(String s)
	{
		String r_s= "";
		char [] a = s.toCharArray();
		for(int i =a.length-1;i>=0;i--)
		{
			r_s += a[i];
		}
		return r_s;
	}
	public static String pairaln(String seq1, String seq2){
		// scoring scheme
		int MATCH    =  1; // +1 for letters that match
		int MISMATCH