孟德尔随机化--痛风与多组学

写在前面

检索检索，刚好发现一篇分区还挺高，但结果内容看上去还挺熟悉的文章，特记录一下。

文章

Exploring the mechanism underlying hyperuricemia using comprehensive research on multi-omics
Sci Rep IF:3.8中科院分区:2区 综合性期刊WOS分区:Q1

数据

1.血液及尿液的代谢组（15 名参与者，10 名高尿酸血症患者和 5 名对照）
2.小鼠模型（RNA测序）
3.痛风、凉茶摄入量、咖啡摄入量和茶摄入量的遗传关联摘要数据来自 FinnGen 数据库

结果

1.基本基线情况一致

年龄、血尿素氮水平、尿pH值、尿比重有差异，肌酐、尿酸差异。

2.鉴别差异代谢物

PCA说明两组有差异，差异分析代谢物。

3.差异代谢物差异富集

kegg通路富集，“咖啡因代谢”、“氨酰基-tRNA生物合成”、“半胱氨酸和蛋氨酸代谢”、“缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸生物合成”、“精氨酸和脯氨酸代谢”、“色氨酸代谢”和“嘌呤代谢”。点出咖啡因

4.咖啡及茶与痛风的孟德尔随机化分析

3组，无咖啡因凉茶为对照组、咖啡、茶各一组。

5.构建调控网络

用高尿酸差异代谢物与高尿酸差异rna的交集，做kegg通路富集，最后富集为“氨酰-tRNA生物合成”4个基因，“精氨酸和脯氨酸代谢”4个基因，“色氨酸代谢”10个基因，“半胱氨酸和蛋氨酸代谢”5个基因，“嘌呤代谢”途径24个基因。

写在最后

这篇文章做的话感觉还是较简单的，可能就是有自己的数据。从代谢组入手，再到孟德尔随机化分析。
相关内容也发布在微信公众号“失意的生信小菜狗”，b站上还有之前发给的生信入门课（搜索“至-山水有相逢”）。