R语言【GIFT】——GIFT_taxgroup()：物种的分类群

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Package GIFT version 1.3.2

Desription

从GIFT (work_ID)中为物种分配不同层次的分类组。

Usage

GIFT_taxgroup(
  work_ID = NULL,
  taxon_lvl = c("family", "order", "higher_lvl")[1],
  return_ID = FALSE,
  GIFT_version = "latest",
  api = "https://gift.uni-goettingen.de/api/extended/",
  taxonomy = NULL,
  species = NULL
)

Arguments

参数【work_ID】：定义要检索其分类组的物种id的向量。默认为NULL。

参数【taxon_lvl】：检索名称的分类级别。默认为Family。检查GIFT_taxonomy()以获得可用的级别。除了可用的层次外，还可以用higher_lvl来检索更高层次的类群“Anthocerotophyta”、“Marchantiophyta”、“Bryophyta”、“Lycopodiophyta”、“Monilophyta”、“裸子植物门”和“被子植物门”。

参数【return_ID】：逻辑指示是否返回taxon_id而不是名称。

参数【GIFT_version】：定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版，则使用最新的版本，该版本仍然可以进行更改和编辑。

参数【api】：定义从哪个API检索数据的字符串。

参数【taxonomy】：选项，如果已经加载，则在这里提供分类法对象，以避免双重加载。在GIFT函数内部使用。如果为NULL(默认)，分类法将在此函数中加载。

参数【species】：如果已经加载，可以选择在这里提供物种名称对象，以避免重复加载。在GIFT函数内部使用。如果NULL(默认)，物种将在此函数中加载。

Value

将该物种的分类类群作为输入的载体。

Example

ex <- GIFT_taxgroup(work_ID = c(1, 4, 7, 8), taxon_lvl = "family")