序列比对（alignment）

序列比对（alignment）

1 使用NCBI进行BLAST

1、进入NCBI官网（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）

2、点击右上角BLAST

3、核苷酸比对选择 Nucleotide BLAST，氨基酸比对选择 Protein BLAST （以核苷酸比对为例），复制需要比对的序列，自行选择比对的数据库，进行BLAST即可获得比对结果


4、如果需要比对两条序列间的碱基差异，可勾选 Align two or more sequences

2 使用MEGA进行比对

1、用MEGA软件导入需要比对的序列文件，点击Alignment，选择Align by ClustalW 进行比对

2、点击Data中的Phylogenetic Analysis，返回到MEGA界面，点击Phylogeny，选择构建系统发育树（Maximum Likelihood、Neighbor-joining 和 Minimum Evolution method）