基于MATLAB的分子相互作用表征模型优化

最新推荐文章于 2024-06-30 09:17:44 发布
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本文探讨了基于MATLAB的分子相互作用表征模型，利用MATLAB的molviewer工具箱进行分子建模，并通过分子动力学模拟计算范德华力、氢键和离子键等相互作用。通过代码实现和优化，该模型有助于理解分子间相互作用，对化学工业和科学研究具有重要意义。

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基于MATLAB的分子相互作用表征模型优化

在现代化学领域中，对分子之间的相互作用进行深入研究十分重要。分子的相互作用可以影响它们的物理性质和化学性质，因此建立一个可靠的分子相互作用表征模型对于化学工业、材料科学等研究有着重要意义。本文将介绍一种基于MATLAB的分子相互作用表征模型，并通过代码实现的方式进行解释。

首先，我们需要导入所需文件，包括分子结构和分子坐标数据。使用MATLAB提供的molviewer工具箱对分子进行建模，其中molviewer工具箱包含了分子建模、旋转、缩放和平移等功能。

接下来，我们需要定义一些变量，如分子的数目、分子内部键和非键距离的值以及电荷、偶极矩等分子特征。以下代码是一个简单的例子：

num_molecules = 2;
bond_length = 1.2; % in Angstroms
nonbonded_distance
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基于MATLAB的分子相互作用模拟
uote_e的博客
07-27 526
首先，我们需要构建分子模型，并定义各元素的力场参数。本文介绍了一种基于MATLAB的分子相互作用模拟方法，用来模拟和表征分子之间的相互作用。通过分析分子之间的相互作用，可以深入理解物质的本质，掌握材料设计的原理。接下来，我们需要对分子进行动力学模拟，模拟运动过程中分子之间的相互作用。最后，我们可以根据模拟结果绘制分子的运动轨迹和能量变化曲线等图像，以直观地展示分子之间的相互作用。综上所述，该方法可以较准确地模拟分子之间的相互作用，对于理解物质的本质和材料设计具有重要的意义。
MATLAB算法实战应用案例精讲-【深度学习】扩散模型(DM)（附python代码实现）
qq_36130719的博客
12-10 3109
广播模型、扩散模型和传染模型可以用于分析信息、技术、行为、信念和传染病在人群中的传播。这些模型在通信科学、市场营销学和流行病学的研究中发挥着核心作用。在计算机视觉中，生成模型是一类能够生成合成图像的模型。例如，一个被训练来生成人脸的模型，每次都会生成一张从未被该模型或任何人看到过的人脸。生成模型最著名的例子是GAN(生成对抗网络)。它有生成器和鉴别器，它们相互对抗，然后生成图像。由于模型本身具有对抗性，因此很难进行训练。这使得很难达到一个最优的平衡。利用扩散模型可以解决这个问题。
MATLAB绘制分子结构
04-21
MATLAB绘制分子结构 部分源码 clear;clc;close all L=1.43; %边长 h=2*L*sin(pi/3); %高度 %第一条线（1~4点） data=[0 0 0 L 0 0 L*cos(pi/3)+L L*sin(pi/3) 0 L*cos(pi/3)+2*L L*sin(pi/3) 0]; %for循环生成一个y方向的平移（加上第一组线，一共20组线）
MATLAB蛋白质双向电泳图谱分析
qq_44782352的博客
09-16 858
主要步骤USM 锐化二值化Canny边缘检测提取每个封闭区间的面积，若大于阈值，则认为是蛋白质蛋白质匹配 USM 锐化 // An highlighted block A = imread('蛋白质局部2.bmp'); %A = imread('porteinswim.bmp'); A = rgb2gray(A); n = 3; % 3*3模板 a = [-1 -1 -1;-1 8 -1;-1 -1 -1]; % USM算子 什么算法这里放什么算子就可以了，但是注意算子必须是3*3的 %A(a:b,c
matlab代码影响-TERM-ddG:突变后计算蛋白质稳定性变化的方法，发表于https://doi.org/10.1371/journal
05-22
matlab代码影响术语 计算突变后蛋白质稳定性变化的方法，发表于 作者：范铮，Gevorg Grigoryan 该软件包包含了我们的论文中所报道的预测氨基酸点突变对蛋白质热稳定性影响的方法的源代码： 三级结构基序的序列统计反映了蛋白质的稳定性，F.Zheng，G.Grigoryan，PLoS ONE，12（5）：e0178272，2017 先决条件 这个软件包是用Python和MATLAB编写的，并且可以在类似UNIX / Linux的环境下工作（应该可以使其在MacOS上运行，但我们没有尝试过）。 我们使用Python 2.7和MATLAB 2015b测试了我们的代码。 它需要执行以下操作： python库： 科学（） ProDy（） 第三方程序： USEARCH8.0-一种用于在序列集中快速查找相似性的程序（） Matlab 2015b或更高版本（八度也应工作，但我们尚未对此进行广泛测试） 我们实验室的其他工具： MASTER（第三级集体代表的强迫搜寻方法）； 从下载。 对于我们的论文，我们通过考虑蛋白质数据库（PDB）的相对非冗余子集，为MASTER创建了一个数据库，以搜索第三
基于MATLAB的分子相互作用的表征模型
FPGA/MATLAB学习教程/源码/项目合作开发
10-01 7336
分子在永不停息地作无规则运动。扩散现象是分子作无规则运动的例证。所谓扩散是指两种不同的物质相互接触时，彼此进入对方的现象。分子之间既有引力，又有斥力。固体能保持一定的形状和体积且难以拉断，说明分子之间存在引力，而固体和液体分子间保持一定的间隙且很难被压缩，说明分子间又存在斥力。物质内分子间引力和斥力是同时存在的，引力和斥力都随分子间距离的增大而减小，斥力减小得更快。当分子间距为某一定值r0时，引力等于斥力，此时分子处于平衡位置；当分子间距大于r0时，引力起主要作用；当分子间距小于r0时，斥力起主要作用。若分
NRTL.rar_NRTL_NRTL matlab_groupruv_matlab nrtl_气液平衡
07-14
"groupruv"可能是指GRoup Additivity for Unifac and van Laar (GRUV)方法，这是一种估算分子间相互作用参数的手段，通常结合UNIFAC（联合国工业化国家促进化学反应表征）模型使用，简化了参数的获取过程。...
MATLAB分子微纳模拟,FDTD/MODE/DEVICE/Interconnect 微纳光电子模拟
weixin_29231725的博客
03-27 1571
本课程主要是向各位学员全面介绍和展示，Lumerical微纳光电子学仿真设计软件的特点、功能以及应用领域等。并通过本课程，教会大家正确使用FDTD Solutions、MODE Solutions、DEVICE等微纳光电子学模拟软件，并独立地开展学术和工程研究本课程配套讲义在研发埠智慧商城有售，限量40本。点击购买课程目录第1部分：FDTD Solutions 软件FDTD Solutions简介...
毕业设计&课设-一组用于分析蛋白质结构和蛋白质分子动力学（MD）模拟的Matlab函数.zip
01-13
matlab算法，工具源码，适合毕业设计、课程设计作业，所有源码均经过严格测试，可以直接运行，可以放心下载使用。有任何使用问题欢迎随时与博主沟通，第一时间进行解答！ matlab算法，工具源码，适合毕业设计、课程设计作业，所有源码均经过严格测试，可以直接运行，可以放心下载使用。有任何使用问题欢迎随时与博主沟通，第一时间进行解答！ matlab算法，工具源码，适合毕业设计、课程设计作业，所有源码均经过严格测试，可以直接运行，可以放心下载使用。有任何使用问题欢迎随时与博主沟通，第一时间进行解答！ matlab算法，工具源码，适合毕业设计、课程设计作业，所有源码均经过严格测试，可以直接运行，可以放心下载使用。有任何使用问题欢迎随时与博主沟通，第一时间进行解答！ matlab算法，工具源码，适合毕业设计、课程设计作业，所有源码均经过严格测试，可以直接运行，可以放心下载使用。有任何使用问题欢迎随时与博主沟通，第一时间进行解答！ matlab算法，工具源码，适合毕业设计、课程设计作业，所有源码均经过严格测试，可以直接运行，可以放心下载使用。有任何使用问题欢迎随
关联规则的matlab代码-pfp:Matlab函数用于蛋白质功能预测
05-24
关联规则的matlab代码PFP 用于蛋白质功能预测的MATLAB库。 该软件包中的Matlab函数使用“ pfp_ ”（也称为蛋白质功能预测）作为文件名前缀。 常用数据结构 ONT ，本体结构，请参阅。 此结构具有以下字段： 必填字段： term ：术语结构列表（ id ， name ）。 rel_code ：关系代码的列表，例如{ is_a ， part_of }。 DAG ：关系矩阵DAG(i, j) = k (k>0)表示term（i）与rel_code （ rel_code与term（j）的第k个关系。 ont_type ：本体类型，例如molecular_function 。 date ：此结构的构建日期。 可选字段： alt_list ：替代术语ID列表。 OA （本体注释结构），请参阅。 此结构具有以下字段： 必填字段： object ：对象（序列）列表。 ontology ：相关的本体结构。 annotation ：注解矩阵， annotation(i, j) = 1表示对象（i）用term（j）注解。 date ：此结构的构建日期。 预测结构PRED ，请参阅（通过
分子模型-Molecular modelling：principles and applications
05-27
2001年第二版，作者Leach,A.R,Molecular Modelling
蛋白质分析工具：基于MATLAB的功能，这些将用于观察蛋白质过敏原的影响-matlab开发
05-29
有四种基于国际标准权重的蛋白质分析功能。 此外，还有一个测试程序，以便用户可以了解为他们的目的使用这些功能的过程。
matlab开发-蛋白质结构优化的基本和基本算法代码（使用格模型）
08-27
matlab开发-蛋白质结构优化的基本和基本算法代码（使用格模型）。可以直接运行的matlab代码，
【MATLAB生信分析】MATLAB生物信息分析工具箱（二）
W_LAILAI的博客
11-12 3806
AlignMultipleSequencesExample.m 蛋白质序列-多重比对： 使用“GONNET”评分矩阵计算每一对序列之间的两两距离 使用非加权平均距离(UPGMA)构建系统发育树 使用PAM家族计分矩阵进行渐进式比对 AlignQuerySequenceToProfileUsingHMMModelAlignmentExample.m ...
【分子相互作用】基于MATLAB的分子相互作用的表征模型仿真
FPGA/MATLAB学习教程/源码/项目合作开发
06-04 1592
分子在永不停息地作无规则运动。扩散现象是分子作无规则运动的例证。所谓扩散是指两种不同的物质相互接触时，彼此进入对方的现象。分子之间既有引力，又有斥力。固体能保持一定的形状和体积且难以拉断，说明分子之间存在引力，而固体和液体分子间保持一定的间隙且很难被压缩，说明分子间又存在斥力。物质内分子间引力和斥力是同时存在的，引力和斥力都随分子间距离的增大而减小，斥力减小得更快。当分子间距为某一定值r0时，引力等于斥力，此时分子处于平衡位置；当分子间距大于r0时，引力起主要作用；当分......
基于距离和密度的高斯核聚类算法研究（Matlab代码实现）
最新发布
weixin_67304359的博客
06-30 973
文献来源：摘要 ：聚类是使数据在各种应用中变得有意义的重要领域，如处理卫星图像、从财务数据中提取信息，甚至处理社会科学中的数据。本文提出了一种新的聚类方法，称为高斯密度距离(GDD)聚类算法，该算法基于样本空间的距离和密度特性。该方法的创新之处在于，在没有任何先验信息和参数的情况下找到最佳可能的聚类。算法的另一个新颖之处在于，当在二维数据上执行时，它形成的聚类非常接近人类的聚类感知。GDD与当今最受欢迎的聚类算法有一些相似之处；然而，它利用高斯核和距离根据数据密度和形状形成聚类。
MATLAB生物信息学工具箱应用之泛素分子显示
临风暖阳的博客
02-20 262
采用’cartoon’显示也可以查看泛素的折叠，以便清晰地显示二级结构元素。下图展示了1UB1的分子结构，这里仅显示蛋白质的结构，二对其他异种颗粒（如水分子）不感兴趣。
matlab画晶体结构图,#绘图教程专栏#不会画分子晶体结构模型？看了这篇教程就会了！...
weixin_35408656的博客
03-16 2043
原标题：#绘图教程专栏#不会画分子晶体结构模型？看了这篇教程就会了！ 材料人特邀绘图科技顾问杨老师为我们带来科研绘图教程专栏，本文为第二篇。最终的效果如下图： 先创建一个50*50*50的立方体： 2.加入编辑多边型命令： 3 全选面，右键插入 4.出入数值为0.5左右 5.再次右键，塌陷所有多边形 6.加入晶格命令 7. 修改支柱及节点的参数 8.模型部分完成 渲染教程1.按下f10.打开渲染设...
MATLAB应用程序nu_analytics: 研究QCM-D响应与运动粘度匹配液体
QCM-D技术在生物分子相互作用、表面化学、纳米材料的物理和化学性质表征等研究领域具有重要应用。 ### 运动粘度匹配液体的定义和重要性 运动粘度是流体动力学中的一个基本概念，是流体流动时内摩擦力的一种度量，...
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