Error: Could not find Bowtie 2 index files 可能是这里错了

最新推荐文章于 2021-10-07 20:30:34 发布
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#tophat #Error Could not find

本文详细介绍了使用tophat时遇到找不到索引文件错误的原因及解决方案，重点强调了正确配置基因组路径的重要性。通过提供具体实例，帮助用户避免常见错误并顺利进行基因组测序分析。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

导致上面这个错误的原因是，tophat无法找到你的索引文件，有可能是你路径写错了。

记住，这个索引路径是要把基因组的名字也写上的。比如你的基因组是rabbit.fasta,

而你的.bt2文件是存放在/home/下面，那么完整的路径应该是:/home/rabbit     (请注意别加上后缀fasta).

doctor韦
关注
ATAC-seq数据分析（一）
watermel__的博客
05-09 4575
1.下载需要的SRR数据 选择符合要求的数据（具体要看论文，这篇论文就提到了有的ATAC数据和RNA数据没有pass）,选择完数据后点击Accession List，会得到SRR_Acc_List.txt 2.使用sratoolkit(NCBI有安装教程)批量下载SRR数据 prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt --output-directory /home/***/JupyterNotebook/Multiomics_data/Parallel/boold
Bowtie2数据比对教程
BioinfoDu
01-09 3184
Bowtie2和Bwa是用于短reads的比对软件，bowtie2主要用于50-1000bp的reads进行比对，生产SAM文件。在做转录组数据分析前，会过RNA-seq数据中的tRNA等序列，常常使用bowtie2进行过滤。网址：https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；若我们的分享对你有用，希望您可以。若我们的分享对你有用，希望您可以。
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09-27 5724
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TopHat比对RNA-Seq数据
qq_27390023的博客
10-07 2056
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生物信息学习——tophat运行报错
ganges_zs的博客
03-02 3039
在装好tophat之后，配置好环境变量，下载官网上的test_data文件，进入test_data文件目录，运行tophat， 结果报错： $ tophat -r 20 test_ref reads_1.fq reads_2.fq [2017-03-02 14:48:43] Beginning TopHat run (v2.1.1) ---------------------------
Tomcat 启动报does not exist or is not a readable directory错误，修改配置文件
Yong.Sunshine
01-16 2435
这个问题应该是，在经历什么意外操作以后，你把在Tomcat下面的项目移除了，但是配置文件还存在相应的配置，但是运行的时候找不到相应的项目，然后报错了。可以查看一下Tomcat的配置文件。如下所示，这就是我配置文件里面，多余的项目配置。删掉就可以正常运行了，希望对你们有帮助。  ...
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Error: Could not open alignment output file P-T-H-K16-1_aligned.sam Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1) Command: /public/home/xiaoshunpeng/miniconda3/envs/chip-seq/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -x /public/home/xiaoshunpeng/hg38/hg38 -1 P-T-H-K16-1_raw_1.fq.gz -2 P-T-H-K16-1_raw_2.fq.gz -S P-T-H-K16-1_aligned.sam (ERR): bowtie2-align exited with value 1
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07-22
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03-14
"bowtie2: command not found"是一个常见的错误提示，它表示在您的系统中找不到bowtie2命令。Bowtie2是一种用于高通量测序数据比对的工具，常用于基因组比对和序列比对分析。 要解决这个问题，您可以尝试以下几个...
基本指令报错如下"/public/home/xiaoshunpeng/hg38" does not exist or is not a Bowtie 2 index Exiting now ...
07-22
您遇到的错误`Bowtie2 index error: /public/home/xiaoshunpeng/hg38 does not exist`通常是由于索引路径指定不当造成的。以下是完整的解决方案： #### 1. **确认索引文件位置** 首先验证索引文件是否确实存在： ``...
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看不过的黑工坊
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Document base "路径名" does not exist or is not a readable directory
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03-02 824
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