在DCE图像上勾画的ROI转换为nii格式形成的mask,形状和DCE的原始图像一致,用于特征提取,形状不一致不能特征提取;
DCE图像和T2图像的形状不一致,所以mask不能用于T2的特征提取;
这个脚本根据DCE勾画的mask,和T2的图像,生成T2的mask,形状和T2一致,用于特征提取;
import glob
import os
import shutil
import numpy as np
import pandas as pd
import pydicom
import nibabel as nib
import SimpleITK as sitk
import torch
import torch.nn.functional as F
from matplotlib import pyplot as plt
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在DCE图像上勾画的ROI转换为nii格式形成的mask,形状和DCE的原始图像一致,用于特征提取,形状不一致不能特征提取;
DCE图像和T2图像的形状不一致,所以mask不能用于T2的特征提取;
这个脚本根据DCE勾画的mask,和T2的图像,生成T2的mask,形状和T2一致,用于特征提取;
将mask插值为T2图像的大小,然后与T2图像进行相乘,得到T2的mask;
nii文件不但有图像的值信息还有位置等其他信息,所以将mask插值为T2图像的大小不能用于特征提取;而是在dcm文件转化为nii过程中今替换里面的图像的值,不改变其他信心。
dcms_root_path文件夹下是每一个患者的姓名,每个患者的姓名文件夹下是每张dcm文件
mask_dir_path 勾画好的mask文件夹,用DCE图像勾画的R