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RSS订阅原创 svim日志报错
step2.用 awk 生成 header.clean.sam。step1.建立 fasta 索引（如果还没有）step3.用这个 header 替换 BAM。+ awk 自动生成 header。SVIM 或 pysam 不会再报。
2025-11-13 08:52:30
174
原创 SystemError: tile cannot extend outside image
日志：mp.run()pt.run()问题表现：解决方法：放宽参数。
2025-09-29 10:37:25
602
原创 报错解决：环境里没有 Java
在该环境里安装 OpenJDK，（Picard 3.x 推荐用 Java 17，2.x 版本一般 Java 8 也行）Picard 脚本是个 shell wrapper，里面写死了调用。所以报错 “No such file or directory。，结果这个环境下根本没装。
2025-09-23 11:07:13
190
原创 用deepvariant call SNP
使用的 numpy 编译环境和当前运行的 Python/系统库不匹配。这种问题经常出现在：Python 环境损坏（尤其是系统自带 /usr/bin/python3 被意外改动）（2）LD_LIBRARY_PATH 或其他动态库路径污染，导致 Python 加载到错误的动态库。说明numpy C 扩展没法加载，根源是 Python 内置模块 datetime 没法导入。Step2.在 deepvariant 环境里，把。deepvariant运行报错解决。Step1.进入环境。
2025-08-13 10:06:28
406
原创 对LTR-RTs构建进化树
由于之前的注释结果只说明了是Copia还是Gypsy，没有进一步的分类，所以第二步可以用TEsorter软件进行进一步的分类。#用 TEsorter 工具对 intact.LTR.fa 文件中的 LTR 序列进行进一步功能分类注释，#LTR_retriever结构注释结果：ref.fa.finder.combine.gff3。#EDTA 注释结果：genome.fa.mod.EDTA.intact.gff3。#Step1.LTR注释并提取完整的LTR序列。#提取完成LTR的注释信息。
2025-08-12 10:40:12
647
原创 merqury/best_k.sh跑出的值是23.4371,K-mer=25
有些偶数长度的 k-mer 在正反链上可能会产生完全一样的 k-mer（回文序列），这样就会让程序在判断方向时混乱。✅ 使用奇数长度的 k-mer，比如 21、23、25，可以避免绝大多数这种回文冲突问题，从而提高分析准确度。（即在基因组中这个 k-mer 只出现一次）；反向互补链是 TACGTACGT。，这对于避免比对误差尤其重要。正向链是 ACGTACGTA；
2025-07-30 14:35:51
211
原创 差异甲基化BatMeth2安装及使用
将CFLAGS= -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc。#（一）将src/Makefile。#编辑 Makefile。
2025-07-30 14:30:38
350
原创 不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包
复制报错信息中：https://bioconductor.org/packages/3.16/data/annotation/src/contrib/GO.db_3.16.0.tar.gz。Tools→install.packages→Browse→选择下载的文件→install即可。载入需要的程辑包：fastcluster。不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包。不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包。载入程辑包：‘fastcluster’下载程序包‘GO.db’时出了问题。安装源码包‘GO.db’
2024-05-18 15:26:16
2985
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原创 STAMP土壤微生物方向使用
不允许有重名，建议将门、纲、目、科、属、OTU水平分别制作成spf文件给STAMP分析，可确保正常使用。解决：软件安装路径/输入文件路径均改成纯英文路径。（1）软件安装路径/输入文件路径存在中文名。
2024-02-24 22:50:13
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原创 土壤微生物结构方程模型参数校正
方法二、将路径系数>1。左右数量是否差距过大，解决办法，减少右侧元素数量。，或者路径系数过小，或者不显著的，调换位置。
2023-12-12 13:50:39
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原创 linux导入数据报错
linux导入数据报错：> mydata<-read.delim("OTU.txt", header=TRUE, row.names=1)Error in file(file, "rt") : cannot open the connectionIn addition: Warning message:In file(file, "rt") : cannot open file 'OTU.txt': No such file or directory报错原因：没有设置好工作空间的位
2023-09-13 16:07:04
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原创 linux服务器使用R时，下载程序包报错解决方案
removing ‘/home/lrst/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/iCAMP’解决方法：安装好后再安装iCAMP。
2023-09-13 15:23:36
1879
原创 PCA图报错Error in `[.data.frame`(X$call$X, rownames(ind), grp, drop = FALSE) : 选择了未定义的列
palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"), #三个组设置三种颜色。palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07")#三个组设置三种颜色。mean.point = F, #去除分组的中心点，否则每个群中间会有一个比较大的点。mean.point=F,#去除分组的中心点，否则每个群中间会有一个比较大的点。label = "none", #隐藏每一个样本的标签。label = "none", #隐藏每一个样本的标签。
2023-05-06 18:32:32
1806
原创 DESeq2加载报错解决方案
解决方法：可能由于卸载重装时未卸载干净，查看"C:\Program Files"或者"C:\Users\63035\Documents"目录下是否有卸载残留，删除后重新运行。报错提示：Warning message:In install.packages(...) : 安装程序包‘GenomeInfoDbData’时退出狀態的值不是0。报错提示：不存在叫‘DelayedArray’这个名字的程辑包 Error: 无法载入程辑包‘SummarizedExperiment’（此等待，无用，呜呜）
2023-04-17 17:24:46
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空空如也
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