群落组装之构建进化树

使用平台：微科盟生科云 云工具

使用方法：

（1）搜索“进化树”，点击“构建进化树”

（2）上传*.fasta即可

关于*.fasta内容格式的调整

打开方式：文本文档看一下

错误格式：存在空格，R的时候会报错

（Warning messages:
1: 'memory.size()' is Windows-specific 
2: In vegan::vegdist(comit, method = "bray") :
  you have empty rows: their dissimilarities may be
                 meaningless in method “bray”
3: In vegan::vegdist(comit, method = "bray") : missing values in results
4: 'memory.size()' is Windows-specific ）

正确格式：

格式修改技巧：

①word打开

②删除所有段落标记

③检查是否有小写字母，如果有，请替换成大写

方法一：选中文本（文本的第一个字母是大写），再shift+F3

方法二：👇

④在>前换行

查找内容：>
替换内容：^p>

⑤在数字与字母间换行

例：

>OTU_1

A

查找内容：([0-9])([A-Za-z])
替换内容：\1^p\2

勾选使用通配符！！！！！

⑥删去OTU_1中的_,否则进化树构建出的文件会在R里出现报错

报错如图：Mismatch warning: comm.colname has 2764 mismatched names.lost name: 'OTU 2505'

查找内容：OTU_
替换内容：OTU

⑦删去开头换行符

（3）任务结束后点击“下载结果”