本地部署pangolin获取谱系，从而达到预测新冠的流行趋势

步骤 1：安装Docker

注：此步骤忽略，可通过Docker官网对于文档进行安装,地址如下

Docker: Accelerated Container Application Developmenthttps://www.docker.com/

 步骤 2：拉取Pangolin镜像

docker pull staphb/pangolin:latest

步骤 3：准备输入文件和目录 

mkdir -p ./pangolin/input ./pangolin/output ./pangolin/dataset 

步骤4：下载数据集

docker run --rm -it \
  -v "$(pwd)/pangolin/datadir:/datadir" \
  staphb/pangolin:latest \
  pangolin --update --datadir /datadir

注：步骤4更新失败，代替方案手动更新

docker run --rm -it \
  -v "$(pwd)/pangolin/datadir:/datadir" \
  --entrypoint /bin/bash \
  staphb/pangolin:latest

# 进入容器后手动运行更新
pangolin --update --datadir /datadir

注：步骤4更新失败，最终方案 

删除镜像

docker rmi 镜像id或名称

拉取最新镜像

docker pull staphb/pangolin:latest 

 注：运行前请保证 pangolin/input目录下存在对应的序列文件

步骤 5：运行Pangolin

docker run --rm -it \
 -v $(pwd)/pangolin/input:/data/input \
 -v $(pwd)/pangolin/output:/data/output \
 -v "$(pwd)/pangolin/datadir:/datadir" \
  staphb/pangolin:latest \
  pangolin /data/input/input.fasta \
    --outdir /data/output
    --datadir /datadir

相关注释：

  -v $(pwd)/pangolin/input:/data/input \        # 挂载本地输入目录
  -v $(pwd)/pangolin/dataset:/data/datadir\  # 挂载数据集版本
  -v $(pwd)/pangolin/output:/data/output \    # 挂载本地输出目录
    staphb/pangolin:latest \                            # 指定镜像
    pangolin \                                                 # 子命令
      --datadir /datadir \                                  #指定对应的数据集
      --outdir /data/output \                            # 指定输出目录
      /data/input/input.fasta                           # 输入文件位置参数

步骤 6：运行成功后结果目录出现对应结果

注：如要整合进系统，可通过shell命令进行调用，入库