文献分享--时空分辨转录组学揭示人类视网膜发育的细胞动力学

作者，Evil Genius

有人问每天看文献不觉得累么？

这让我想起了刚参加工作不久的时候，18年底，单细胞一共发表了不到100篇文献，当时领导决定将这些文献全部读了，总结出其中的方法，分析内容，注意事项等等，我分了27篇，2周读完汇报，当时和我一起的还有个清华的博士，分了56篇，也是要求2周，还有一个女生分了剩下的文献，结果清华博士2天就差不多看完了，还写了汇总内容。

现在一周也就看2篇左右，已经相当少了。

今日分享文献

知识积累

视网膜细胞形成特殊的层结构，在胚胎发育过程中，其层结构发生了显著的变化，在视网膜发育的后期，视网膜细胞分为三层，每层都有其形态和功能特征。中间神经元如HC、BC、AC和胶质细胞MG的细胞体位于内核层（INL）;而RGC形成神经节细胞层（GCL）。

研究人视网膜早期发育过程中基因表达的时空动态变化。

结果1、人视网膜发育的空间分辨转录组学分析

建立人胚胎视网膜组织从PCW 9到PCW 17的空间表达谱（10XGenomics Visium）。

结果2、视网膜发育过程中细胞分布的时空动态变化

单细胞空间联合分析

数据表征了视网膜细胞类型在每个发育阶段的时空分布，证明了在发育过程中分化的细胞类型的出现，并发现前体细胞类型的分化呈现出从外层到内层以及从后部区域到前部区域的方向。

结果3、Spatiotemporal distribution and cellular identity of consensus spatial domains

整合基因表达谱和空间邻域矩阵来进行空间域检测，并进行差异分析。

结果4、功能基因模块的时空特异性

对不同发育阶段的所有ST点进行了加权基因共表达网络分析（WGCNA）得到四个主要基因模块。

结果5、视网膜发育过程中空间结构域的调控基因

比较空间结构域的DEG和调控基因数据库。

使用所有ST spot的表达数据重建了TF与其靶基因（TG）之间的基因调控网络。

结果6、发育中视网膜空间域的生物医学相关性

分析疾病相关基因在空间域的表达模式。

结果7、空间细胞通讯揭示了关键的配体-受体相互作用

COMMOT。

在所有发育阶段，空间信号通常在不同的视网膜层之间传播，从两侧向外移动（即NBL和GCL）向内侧move。

发现MDK-LRP1相互作用参与了从四种前体细胞类型到RGCs的细胞间通讯，表明其在调节RGC成熟中的潜在关键作用。

最后来看看方法

10X visium的基础分析

单细胞数据处理，公共数据

单细胞空间联合cell2location.

空间域的识别

WGCNA

空间细胞通讯COMMOT

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