单细胞数据分析流程R包scCancer

博主分享了一篇关于R包scCancer的文章,该包专用于单细胞数据分析,尤其适用于cellrangercount输出的文件。尽管原包功能简洁易用,但其数据输入格式的局限性成为了一点遗憾。博主对scCancer的部分参数进行了修改,使其能够处理更多类型的数据。修改后的代码已公开,使用者需注意不要同时加载原包以避免函数名冲突。文章中介绍了使用修改版工具的工作流程,并鼓励受益者在论文中引用原论文。

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最近做单细胞数据分析时,发现了一个R包scCancer,发表在Briefings in Bioinformatic

论文主页:

简单尝试了一下,还是比较好用的,参数很简单,可以很方便的对数据进行分析,但是由于该工具只支持cellranger count输出的文件,个人觉得有点遗憾。

因此,对该包一部分参数进行了简单的修改,让该工具可以支持其他类型数据的输入

所有代码已经放在这里了,有兴趣的可以看一下。最重要的,如果该工具对你的论文有帮助,请引用原文

代码地址:基于R包scCancer修改的单细胞分析基础代码-数据集文档类资源-优快云下载

需要注意:如果使用修改后的工具,请不要加载scCancer包,个人偷懒,没有完全修改函数名,会冲突,后续有改进会继续分享出来。

工作流程: 

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