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原创 【R语言】使用ALDEx2对微生物组进行差异分析

【代码】【R语言】使用ALDEx2对微生物组进行差异分析。

2025-03-21 09:13:42 316

原创 【R语言】使用DESeq2对微生物组进行差异分析

【代码】【R语言】使用DESeq2对微生物组进行差异分析。

2025-03-17 21:18:58 313

原创 【STAMP】操作步骤

供欣欣向荣学习使用

2025-03-03 17:24:34 218

原创 【QIIME2】BUG汇总

但是实际中并不存在该目录。尝试用conda安装R。

2025-02-19 10:00:23 269

原创 【Linux】删除Conda虚拟环境

conda create -n (你的环境名字) python=(你需要的版本号,如(3.7,3.8,3.10))conda remove --name $(需要删除的环境名字) $(需要删除的包的名字)1、查看当前系统的conda虚拟环境。5、删除虚拟环境中的包。7、对当前环境进行回滚。3、查看安装了哪些包。6、退出当前虚拟环境。

2025-02-19 09:19:00 339

原创 【R语言】GitHub Copilot安装-待解决

参考:

2025-02-17 10:40:47 355

原创 【QIIME2】真菌ITS数据库_UNITE10.0在QIIME2中的使用

使用2024年新版UNITE10在QIIME2中对真菌进行注释。

2025-02-13 17:23:43 233

原创 【R语言】字符类型转换

当R读入数据框时,会先自动定义数据类型。本教材提供几种对数据框中的某几列转换字符类型的方法。

2024-11-14 15:12:57 446

原创 【R语言】mlr3机器学习--支持向量机SVM

使用R语言mlr3构建SVM模型,SVM模型使用于二分类、多分类及回归。

2024-11-13 11:52:39 986

原创 【Conda】Windows下conda的安装并在终端运行

像Linux一样,在Windows终端运行conda

2024-11-12 16:29:04 440

原创 【Gephi】可视化教程

此教程专供欣欣向荣及其舍友使用。

2024-09-11 21:11:11 1409

原创 【R语言】删除数据框中所有行中没有大于200的数值的行

function(x) any(x > 200):这是apply函数的函数参数,表示对每一行(x)进行操作的函数。是apply函数的结果,即一个逻辑向量,其中每个元素对应df中的一行。1:这是MARGIN参数,表示apply函数将沿着行(1)或列(2)对数据框进行操作。在这个例子中,我们沿着行进行操作。这是一个使用apply函数对数据框df进行操作的表达式。, ]:这个部分表示选择所有列,因为, ]没有指定列索引,所以默认选择所有列。, ]:这是一个逻辑索引操作,用于从数据框df中选择某些行或列。

2024-09-11 16:16:50 692

原创 【Python】Windows下python的下载安装及使用

##暂时写到这里,准备电脑重装一下,装完系统再配置。如出现一下提示,说明安装成功。勾选 添加至环境变量。

2024-09-11 15:57:28 271

原创 16s功能注释Bugbase的安装使用--本地版

解决Bugbase的报错与输入文件

2024-08-13 15:33:11 1437

原创 【QIIME2】细菌16s数据库_Greengenes

由于Bugbase功能注释时,输入的OTU表需经Greengenes注释(且由于时间原因须是第一版),故尝试使用Greengenes对16S进行注释。

2024-08-01 15:57:09 874 2

原创 pychopper的安装与使用

在Linux环境下使用conda安装。

2024-07-11 10:14:18 886

原创 创建github个人博客

Hexo 是一个快速、简洁且高效的博客框架。Hexo 使用 Markdown(或其他标记语言)解析文章,在几秒内,即可利用靓丽的主题生成静态网页。所有必备的应用程序安装完成后,即可使用 npm 安装 Hexo。对于熟悉 npm 的进阶用户,可以仅局部安装 hexo 包。Windows:下载并安装。

2024-06-25 19:24:50 762

原创 【R语言】Linux-Ubuntu22系统下R语言的安装与卸载(可安装最新版本)

由于之前的安装的不是最新版本的R,故我们将卸载R4.1.2。有两种简便的方法可以在Linux下安装R,但版本都不够新。为了安装最新版本(也是可以指定版本),我们使用编译安装。安装后显示R版本为4.1.2。最新版本为4.3.1。

2024-06-24 15:57:26 1957

原创 16s功能注释--PICRUST2的安装及使用

全部ASV和ASV前10000注释时都报错,暂未找到解决方法。但使用ASV前1000则能运行成功。解压后将bin目录设置到环境变量。利用bioconda安装。

2024-06-21 10:50:30 1175

原创 【NCBI】SRA toolkit安装及使用-Windows&Linux版本

由于市面上的文章介绍SRA toolkit基本上都是基于Linux,而在windows下运行SRA toolkit基本上可以达到相同的效果且更为方便,故本文将分别阐明在Windows和Linux环境下SRA toolkit的安装及使用。

2024-06-20 15:32:34 11485 8

原创 【Gephi】颜色插件安装

导入Gephi包含node和edge颜色属性,按理说之后导入Gephi,按照Phylum(微生物的门水平)对node进行着色就行了,但是如果跑多个图的话,就会发现每次不同的Phylum对应的颜色都不一样,故需要安装插件来固定颜色,使其每次都对应上导入文件中的颜色,选择本地下载好的givecolortonodes-1.0.0.nbm进行安装。去官网下载网址:https://gephi.org/plugins/#/点击[工具]—>[插件]—>[已下载]—>[添加插件]点击[工具]—>[插件]—>[可用插件]

2024-05-16 11:03:59 1079

原创 16s功能注释--FAPROTAX的安装及使用

注释软件FAPROTAX在Linux下的命令行运行

2024-05-13 00:12:56 558 3

原创 【Linux】WSL2安装Ubuntu后配置环境

【代码】【Linux】WSL2安装Ubuntu后配置环境。

2024-05-07 14:41:18 429

原创 蛋白质组学之MaxQuant

PRIDE数据库获得的数据中,combined文件为使用MaxQuant搜库后的蛋白质组数据,其中\combined\txt文件夹中的proteinGroups.txt文件为后续分析的目标文件。MaxQuant可以支持目前主流的蛋白质组学质谱仪厂商产生的原始数据格式:.raw (Thermo公司)、.d (Bruker公司)、.WIFF和.wiff.scan (SCIEX公司)等。数据:https://www.ebi.ac.uk/pride/archive?

2024-03-25 21:04:01 989 1

原创 【QIIME2】真菌ITS数据库_UNITE9.0在QIIME2中的使用

手把手操作——在QIIME2中使用UNITE9.0数据库

2024-02-21 09:41:07 2458 9

原创 【QIIME2】细菌16s数据库_Greengenes2

用于物种分类的软件或插件叫“分类器”,这些分类器因为采用了机器学习原理,在正式用于你的数据分类前必须训练这些分类器,以便让软件“学会”哪些特征可以最好地区分每个分类组。参考[2]注1:训练分类器需要用到特定的物种分类数据库(比如Greengenes database)和你自己测序时的引物序列,训练步骤是:先用引物定位Greengenes中的参考序列,然后截取出这些参考序列(截取出的参考序列长度和你测序获得的序列长度类似),然后把这些序列与物种分类名称匹配,这样就获得了“分类器”。要么用上面两个为一套。

2024-02-19 15:18:26 3150 1

原创 【QIIME2】服务器及本地安装QIIME2

在服务器或本地离线安装QIIME2

2024-01-25 09:22:38 740

原创 【R语言】机器学习之随机森林--微生物组数据作为模型输入

虽然建模时可以选择哪一列作为标签,那些列作为自变量,但由与ASV数量较多,选取时操作不够简便,故直接删除掉用不到的标签。由于样本量大不能直接用EXCEL打开,选择使用R进行初步的数据处理,得到符合模型输入的数据。

2024-01-11 22:55:17 654 1

原创 【R语言】计算多样性指数出现空值NA

计算多样性指数,算出Shannon,Simpson,Richness和Ace指数都是NA。:相对丰度算不了ace指数,要用reads。有的样品中的某个ASV是空值。读入的时候,去掉空值。

2024-01-10 15:57:05 926 1

原创 【R语言】Windows命令行cmd运行R脚本

命令行运行R语言

2023-12-28 09:22:33 2990 1

原创 【Linux】自定义WSL2安装位置,安装到其他磁盘(非C盘)

自定义WSL安装路径,将WSL安装到其他盘

2023-12-26 10:41:43 24090 18

原创 【R语言】Error:非整合陈列

解决Error报错

2023-12-17 18:46:18 2188 1

原创 【R语言】R包ggtree的安装

ggtree的安装

2023-12-06 10:26:14 3758 1

原创 R包adespatial的安装

安装依赖包后,成功手动安装install.packages()adephylo需手动安装,报错后继续安装依赖包。安装依赖包后安装成功。

2023-10-10 11:34:46 313 1

原创 【R语言】Windows--R的下载与安装设置

进入R官方网址选择镜像选择合适的版本安装时默认安装即可进入下载网址:下载后默认安装即可更改下载包的链接选择国内镜像即可。

2023-10-10 09:47:46 1846 1

原创 WSL忘记用户密码——重置密码

参考WSL开发文档及http://www.manongjc.com/detail/60-dllphoqzawubyin.html#google_vignette。

2023-08-08 10:33:52 3534

原创 【QIIME2】DADA2&Deblur

如果使用deblur-16S,deblur执行初始的正向过滤步骤,其中它丢弃与85% GreenGenes 数据库中OTU的序列小于60%相似性的任何序列。请注意,deblur接受合并的序列,并将它们视为单端序列,因此如果使用deblur进行去噪,需要先合并读取。Deblur使用序列错误配置文件将错误的序列与从其来源的真实生物序列相关联,从而得到高质量的序列变异数据,主要为两个步骤。stats-dada2.qza质控、去噪、去嵌合体后剩下的序列文件#查看每个样品剩余有效序列数(丰度表)

2023-05-16 15:09:50 1360 1

原创 【QIIME2】单端数据Deblur

QIIME2-单端数据Deblur笔记记录

2023-03-30 17:28:31 1227

原创 R绘制稀释曲线

利用丰度表,抽平、绘制稀释曲线(TAO代码1)

2023-03-30 16:57:39 1288

原创 Win11右键更改为Win10右键菜单

Win11右键默认显示更多选项设置成默认显示更多:WIN+X 进入 终端(管理员)在终端应用程序里输入代码【reg.exe add “HKCU\Software\Classes\CLSID{86ca1aa0-34aa-4e8b-a509-50c905bae2a2}\InprocServer32” /f /ve】显示操作成功,重启Win11电脑,就可以看到跟以前win10一样的右键菜单恢复Win11新右键菜单的方法:WIN+X 进入 终端(管理员)在终端应用程序里输入代码【reg.exe

2023-03-17 11:28:14 362

R包adespatial的安装

adespatial的本地安装包

2023-10-10

R包adespatial的安装

adephylo的本地安装包

2023-10-10

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