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【代码】【R语言】使用ALDEx2对微生物组进行差异分析。

【代码】【R语言】使用DESeq2对微生物组进行差异分析。

参考：

当R读入数据框时，会先自动定义数据类型。本教材提供几种对数据框中的某几列转换字符类型的方法。

function(x) any(x > 200)：这是apply函数的函数参数，表示对每一行（x）进行操作的函数。是apply函数的结果，即一个逻辑向量，其中每个元素对应df中的一行。1：这是MARGIN参数，表示apply函数将沿着行（1）或列（2）对数据框进行操作。在这个例子中，我们沿着行进行操作。这是一个使用apply函数对数据框df进行操作的表达式。, ]：这个部分表示选择所有列，因为, ]没有指定列索引，所以默认选择所有列。, ]：这是一个逻辑索引操作，用于从数据框df中选择某些行或列。

虽然建模时可以选择哪一列作为标签，那些列作为自变量，但由与ASV数量较多，选取时操作不够简便，故直接删除掉用不到的标签。由于样本量大不能直接用EXCEL打开，选择使用R进行初步的数据处理，得到符合模型输入的数据。

计算多样性指数，算出Shannon,Simpson,Richness和Ace指数都是NA。:相对丰度算不了ace指数，要用reads。有的样品中的某个ASV是空值。读入的时候，去掉空值。

解决Error报错

ggtree的安装

进入R官方网址选择镜像选择合适的版本安装时默认安装即可进入下载网址：下载后默认安装即可更改下载包的链接选择国内镜像即可。

利用丰度表，抽平、绘制稀释曲线（TAO代码1）