DBNLDA: Deep Belief Network based representation learning for lncRNA-disease association prediction

本文详细介绍了一种基于深度信念网络的文献实验复现过程,包括数据集准备、网络构建、模型学习及分类等步骤,并提供了关键代码实现细节。

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提示:这里可以添加本文要记录的大概内容:
例如:随着人工智能的不断发展,机器学习这门技术也越来越重要,很多人都开启了学习机器学习,本文就介绍了机器学习的基础内容。


提示:以下是本篇文章正文内容,下面案例可供参考

一、准备数据集

1.首先准备数据集,本文用的已发表文献中已有的4个数据集和其他三种癌症数据集。来自“A random forest based computational model for predicting novel lncRNA-disease associations”
数据集准备后需和代码中需求的格式一致,这里最好根据代码改数据格式(注意表头,文件类型csv等)

二、构建网络

1.构建网络,运行代码——Network_creation.ipynb

运行代码过程中的问题:

注意node2vec库相关依赖包,如版本不对会报错。
在这里插入图片描述
需将sep=’\t’去掉,否则结果就为(240,1)
在这里插入图片描述

三、模型学习——DBN_learning.ipynb

注意tensorflow引用版本,文章是用的tensorflow V.1版本,因此如果自己配置是v.2版本的话需要用
import tensorflow.compat.v1 as tf
tf.disable_v2_behavior()
替换:
import tensorflow as tf
共有两个子模型。

四、模型分类——NNClassifier-CV.ipynb

总结

文章为2020年发在APPLIED INTELLIGENCE期刊的一篇中科院分区为3区的文章,IF=5.0858。
找不到数据集的时候看论文提及的参考文献。
总的实验已经复现,接下来好好理解代码。

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