Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) : function ‘as_cholmod_sparse‘ not provided

报错

单细胞分析过程中(Seurat V4),使用RunUMAP或者WGCNA分析过程中,涉及到UMPA的计算的报错:
Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) : function 'as_cholmod_sparse' not provided

大体因为R和各类工具更新的太快了,啥啥的都跟不上了,两个思路,一个是匹配合适版本,再者就是更新一波

解决方案

基于 Seurat V4
将 Matrix 和 Seurat 匹配到合适的版本:

# Matrix 
remotes::install_version("Matrix", version = "1.6-1.1")
# Seurat 相关
remotes::install_version
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