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RSS订阅原创 ColdDTA复现过程
从我实现代码复现的经验来看，一般来说不用按照顺序一个一个安装readme上给的库，先把基础的pytorch和geometric包安装成功之后（版本要一致）直接跑数据处理的代码报什么错就对应的安装相应 的包例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
2024-08-28 17:06:25
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原创 TRANSVAEDTA论文阅读
主要记录自己在阅读论文过程中遇到的一些知识点和不太清楚的地方例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
2024-08-11 14:26:06
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原创 论文阅读《Multimodal Drug Target Binding Affinity Prediction using Graph Local Substructure》
记录阅读过程中的问题例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
2024-07-27 18:47:11
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原创 论文阅读《Emerging opportunities of using large language models for translation between drug molecules a》
药物分子是一种改变生物体精神或身体状态的物质。每种获批药物都有适应症，即该药物用于治疗特定疾病的治疗用途。虽然大型语言模型 (LLM)，一种生成式人工智能 (AI) 技术，最近已证明在分子和其文本描述之间进行翻译方面非常有效，但在促进药物分子和适应症（描述使用该药物治疗的疾病、病症或症状）或反之亦然之间的翻译应用方面，研究仍然存在差距。解决这一挑战可以极大地促进药物发现过程。根据给定的适应症生成药物的能力将允许发现针对特定疾病或靶标的药物，并最终为患者提供更好的治疗。
2024-06-20 23:08:35
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原创 GRU基础知识以及相关名词解释
GRU通过引入重置门和更新门，使得网络可以灵活地选择保留或者遗忘以前的状态，从而解决了传统RNN在长序列数据处理上的问题。其相对简单的结构和较少的参数使得GRU在实际应用中非常受欢迎。直观地展示GRU的工作原理，我会结合公式和图像一步步解释GRU的具体流程，包括候选隐藏状态和当前隐藏状态的生成过程。重置门 (r_t)决定了上一时刻的隐藏状态 (h_{t-1}) 在生成候选隐藏状态 (\tilde{h}_t) 时的影响。更新门 (z_t)
2024-06-19 16:36:01
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原创 论文笔记《基于深度学习模型的药物-靶标结合亲和力预测》
例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
2024-05-28 11:07:08
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原创 论文笔记ColdDTA：利用数据增强和基于注意力的特征融合进行药物靶标结合亲和力预测
以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考药物靶点亲和力（DTA）的准确预测在药物发现和开发中起着至关重要的作用。最近，深度学习方法在随机拆分的公共数据集上显示出优异的预测性能。然而，仍然需要对这种拆分方法进行验证，以反映实际应用中的实际问题。在冷启动实验设置中，测试集中的药物或蛋白质不会出现在训练集中，深度学习模型的性能通常会显着下降。这表明提高模型的泛化能力仍然是一个挑战。
2024-05-03 20:35:36
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原创 ASIM复现相关知识补充
记录一下知识补充或者遇到的问题这篇文章中讨论了一个基于Stack Overflow数据转储构建的软件工程领域语料库，以及基于该语料库预训练的特定领域词嵌入。语料库作用：构建的15GB语料库包含了从2014年1月到2020年6月的Stack Overflow数据。这个语料库用于训练和捕捉软件工程领域内的丰富语义和句法信息。预训练词嵌入：使用GloVe方法对语料库中的文本进行预训练，生成300维的词向量。这些词嵌入专门针对软件工程领域，能够提高模型在相关任务中的性能。模型性能提升。
2024-04-29 19:07:19
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原创 RDkit学习
安装轻轻松松，手拿把掐，我就不仔细说了例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
2024-04-25 11:25:48
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原创 DTI &DTA
DTI（Drug-Target Interaction）任务和DTA（Drug-Target Affinity）任务都是与药物发现和药物设计相关的任务，但它们在方法和目标上有一些关键区别。任务类型DTI任务通常涉及预测给定药物和给定靶点之间是否存在相互作用。这种相互作用可以是药物与蛋白质靶点的结合，或者药物对靶点的生物活性。DTA任务则专注于预测给定药物与给定靶点之间的亲和力或结合亲和力。这包括预测药物分子与蛋白质靶点之间的结合亲和力。衡量指标。
2024-04-14 17:29:15
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原创 【Leetcode】链表专题
迭代法（Iteration）和递归法（Recursion）都是解决问题的方法，它们在编程中经常被用到。迭代法是通过循环的方式，重复执行某段代码直到满足条件为止。通常使用迭代语句（如for循环或while循环）来实现。迭代法通常比递归法更直观，更容易理解，并且在一些情况下效率更高。它的实现方式类似于人们在日常生活中的思考方式，一步一步地解决问题。递归法则是指一个函数在执行过程中调用自己的编程技巧。递归的本质是将问题划分为规模更小的子问题，并不断地重复这个过程直到达到最基本的情况，然后逐层返回结果。
2024-04-14 17:20:57
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原创 社区项目开发过程中的知识补充
提示：记录自己的学习过程例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
2024-04-09 15:34:35
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原创 论文笔记《TAG-DTA:Binding-region-guidedstrategytopredictdrug-target affinity using transformers》
例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
2024-04-09 14:30:37
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原创 复现代码过程
结果就开始报错：后来我自己创建了一个python3.8的环境进行语句安装还是报一样的错，纳了闷了，难不成是节点问题？？把节点关了，再试一次这个语句无语，还错。那我从头，不创建环境，直接在关闭节点的情况下运行原始语句：又失败了运行第一句。。。。又失败了要一个一个排查，，，，，
2024-04-02 11:10:01
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原创 Transformer相关知识
Transformer是一种深度学习模型架构，最初由Vaswani等人在2017年的一篇论文中提出，用于处理序列到序列的任务，如机器翻译。它是一种基于注意力机制的模型，相比传统的循环神经网络（RNN）或卷积神经网络（CNN），Transformer在处理长序列时表现更好，并且可以更好地并行化处理。Transformer已经成为自然语言处理领域的重要基础模型，并且在其他领域也有广泛的应用。
2024-03-31 11:30:22
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原创 论文阅读及知识补充《基于局部子结构特征及其补语的药物-药物相互作用预测》
今天主要学习的论文是《Drug-drug interaction prediction based on local substructure features and their complements》基于局部子结构特征及其补语的药物-药物相互作用预测仅作个人的知识补充。LSFC模型是整个神经网络模型的主体，负责组合不同的子模块并执行前向传播。它由Attention、Intermediate和Output组成。Attention模块是自注意力机制的实现，负责计算输入的自注意力。
2024-03-19 21:14:31
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原创 JAVA面向对象高级（二） 继承
能够减少代码的重复性，精简代码，将一些公共属性的代码写在一个类中表示父类，子类继承父类，虽然父类中有的变量是私有的，我们可以通过调用它公开的方法来进行使用。
2024-03-18 11:35:20
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原创 JAVA常用API String篇
Java的lang包下的程序，我们可以直接使用，不用导包。//提取索引某个位置处的字符//字符串的遍历i++) {//字符串转成字符数组再进行遍历i++){//判断字符串内容，内容一样返回trueString s1=new String("黑马");String s2=new String("黑马");//为false因为这里比较的是引用地址。//忽略大小写比较字符串内容 equalsIgnoreCase。
2024-03-12 14:49:24
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原创 JAVA基础（四） 面向对象编程基础
记录面向对象编程的基本概念，以及在计算机中的执行原理，所谓面向对象，个人认为是它像一个结构体，例如一个学生对象，里边可能会包含学生的一些学号，名字，籍贯等信息，也可以叫做该对象的属性。又类似于数据表的表头，我们在使用该对象时，为该对象赋予一些值，就像是数据表中各项信息的填写。例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
2024-03-11 17:06:01
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原创 Java基础学习笔记（二）数组与方法
掌握数组的两种定义方法以及对应的案例提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考(1)(2)所谓遍历数组，就是借助循环结构，以数组长度为界，遍历数组索引。例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
2024-03-04 17:57:34
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原创 2021-06-17
文摘整理她骤然窥见他和裴之间那条深不可及的鸿沟。鸿沟来自于一方十几年如一日的专注和积累，和另一方十几年如一日的混吃和等死。人类面对疾病太脆弱而不堪一击，没有任何办法。人必须为自己的决定负责，这是老林的人生信条。“你再仔细想想，那时你会否因没能在可以追求梦想的年纪去追寻梦想而感到后悔？”p/np问题，千禧问题之一、百万美元奖金、与黎曼假设、庞加莱猜想并列。人生那么长，还有无限可能。——就算是开局坏到极点的人生，也还有无限可能。特别想得到什么、完成什么的想法，从来都没有。毕达哥拉斯曾经说过，
2021-06-17 08:03:34
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空空如也
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