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原创 nnUnetv2后续遇到的bug

因为ACDC算上背景一共四个类,但是在和MMWHS一致时有一个类是5,越界了。所以需要对原来的数据集进行重写处理和划分,所以在后续处理多个数据集不同的类别需要有一定的规范。一直报cuda断言的错误,找不到具体的错误。然后查看资料之后,把device设置为cpu,就可以查看具体的错误,发现是计算dice,将y变成独热向量的时候出错。今天在处理ACDC的数据的时候,我想把标签的命名和之前MMWHS命名一致,但是后续在计算dice损失的时候一直如下的错误。报错把y_onehot沿着y写的时候,出现越界的错误。

2024-07-18 14:34:42 569

原创 nnUNetv2使用自己数据集出现的问题nnUNetv2(二)

在nnunetv2.training.nnUNetTrainer.nnUNetTrainer的initialize函数进行初始化,根据对应的nnUNetPlans.json,如果使用3d_fullres的nnUNetv2,对应的结构为下图所示。作者使用的是dynamic_network_architectures中的unet模型,作者通过pydoc.locate加载需要的network_class_name关键字对应的类,然后将arch_kwargs中对应的模型结构作为参数初始化模型的结构。

2024-07-03 15:59:06 1031 9

原创 nnUNetv2使用自己数据集出现的问题

处理数据之后,就可以对模型进行训练,训练指令如下。DATASET_NAME_OR_ID就是我们的数据集id(501,502),UNET_CONFIGURATION FOLD就是使用nnunetv2提供的集中Unet配置进行训练,分别有2d、3d_fullres、3d_lowres、 3d_cascade_lowres。也就是说每个nii.gz的文件命名必须和训练集的文件命名一致,同时文件名字的最后需要有一个4位数的标识符,表示是哪一个模态的,和dataset.json中的channel_name设置一致。

2024-07-03 10:07:48 2602 8

原创 python 运行出错,view改变tensor size出现错误

输入Tensor的维度出现问题。view需要tensor在子空间(地址)连续,根据提示有两种解决方法。

2023-10-02 10:38:27 163 1

MICCAI 2024: 医学图像计算与辅助干预进展

内容概要:该论文集介绍了在医学图像计算和计算机辅助介入(MICCAI)领域的最新研究,特别是在自我监督机制下提升医疗影像分析精度和技术的应用上,展示了渐进式的自适应步调机制及其在大脑成像方面的效果改善,强调其实用价值和改进分类定位表现的技术细节。 适合人群:医学研究人员、计算机视觉专家、以及对MICCAI技术感兴趣的跨学科团队成员。 使用场景及目标:本研究针对临床实践中遇到的实际挑战进行探讨,旨在提高病变区域检测与诊断准确性,适用于需要高效数据分析和支持决策的各种医疗应用场景,有助于推进自动化图像识别方法的发展。 其他说明:研究成果基于神经网络框架实现并得到了阿尔茨海默病神经成像数据库支持的资金资助,在多种架构测试过程中验证了提出的方法的有效性和可靠性。

2024-10-16

空空如也

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