win10安装 graph_tool工具箱

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win10安装 graph_tool工具箱

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前面在win10下搭建ClearMap环境时由于其它问题注释掉了graph_tool工具箱，没有安装，接下来进行单独安装。
参考：
graph_tool官网：https://graph-tool.skewed.de/
https://blog.youkuaiyun.com/HUSTHY/article/details/108260470

一般的python包可以用pip install 进行安装，但是graph-tool不能靠像pip这种单纯的python包管理系统来安装。因为它的核心数据结构和算法是用C++写的，因此会有很多C++依赖性（比如依赖Boost, CGAL和expat）。

官网安装教程里说明，windows环境不支持graph_tool的安装，但可以通过Docker或者ubuntu安装，win10系统自带ubuntu，因此我将通过ubuntu18.04来安装graph-tool,其它环境和安装方法可以参考graph-tool官网。

1. 配置apt-get的源

• 在sources.list文件中添加以下内容：

deb [ arch=amd64 ] https://downloads.skewed.de/apt bionic main

首先用vim打开sources.list文件，进入insert模式，将上面一行复制到文件最下面，有些可以将vim替换为gedit，但是win10系统自带的ubuntu应用不能识别gedit，所以用vim就可以了。 需要注意的是，上述bionic和ubuntu版本有关，ubuntu8.04对应的是bionic，官网还列出了其它版本的，例如：bullseye, buster, sid, bionic, eoan, focal。

sudo vim /etc/apt/sources.list

2.更新源

apt-get update

3.获取秘钥然后写于系统中

sudo apt-key adv --keyserver keys.openpgp.org --recv-key 612DEFB798507F25

4.安装安装graph-tool

apt-get install python3-graph-tool

此时，安装完成，在python终端输入以下代码验证：

from graph_tool.all import *

此时报出 “ No module named ‘graph_tool’ “错误。
在Ubuntu终端下输入

cd /usr/lib/python3/dist-packages

可以看到该目录下有graph_tool文件夹，然后将graph_tool复制到e盘。

 cp -r graph_tool /mnt/e

然后将graph_tool放到环境ClearMap下

from ClearMap.graph_tool.all import *